地下深处的建筑，灯光昏暗的房间，房间深处的红色沙发上，一个老头正襟危坐。这老头的头上绑着绷带，右眼被绷带盖住，穿着黑色长袍，木头拐棍摆在左手旁。
这个老头就是志村团藏。
他和三代火影猿飞日斩为同期队友，都是二代火影千手扉间的学生。在猿飞日斩即为火影后，志村团藏以暗部培训部的名义成立属于自己的独立组织暗部特别行动队“根”，并以领导者的身份在暗中活跃。
所谓根，没有名字，没有感情，没有过去，没有未来，拥有的只是任务。是在看不见的地下，支撑起木叶的参天大树。
团藏深深继承了第二代火影的冷酷思想，信念是彻底遵守规定，但是由于和日斩的理念不同，且独断孤行，被日斩解除了火影辅佐一职。
在“根”解散后，团藏曾一度失势。但是，仍有其成员待在暗部继续效忠团藏。
团藏始终相信，终有一天会成为真正可以领导木叶的那个人。
相信过程！
暗于大地，终见光明。
此时，在团藏的对面，两名根部成员将一名十一二岁的少年带到。
“团藏大人，我们成功摆脱了敌人。”一名“根”成员向团藏作了汇报。
团藏看到另一名“根”的成员背着一个普通到不能再普通的小鬼，心情有所不悦：“难怪任务会失败，枯魂幽乐啊，你选中这个姿势平庸的小鬼，可真会浪费机会。”
……
事情还要从两名外来忍者出现在木叶医院的病房抢夺伊比喜看守的病人少年莫南说起。
莫南被抢走之后，伊比喜第一时间跟了上去，并且通灵出了忍猫。名为阿兰的忍猫跟踪敌人，名为阿花的忍猫将情报带给了火影。
伊比喜在追踪的途中被受到雇佣的流亡忍者——即来自“流浪的兔子”的两名成员打败。但是，伊比喜的忍猫阿兰靠隐蔽之术躲过了流亡忍者的拦截，始终跟着抢走莫南的两名忍者。
而另一方面，火影日斩在受到有入侵者的情报时下达了暗部成员回收命令。伊比喜的另一只忍猫阿花和阿兰有着心灵相同的能力，阿花带领着暗部成员追上了阿兰。
然而，暗部忍者发现阿兰已经中了幻术，貌似沉睡了很久。
抢走莫南的两名忍者已经不知去向。
而打败伊比喜的两名流亡忍者并没有伤害伊比喜，完成任务后果断撤退。
营救枯魂幽乐的计划堪称完美，从头到尾都在团藏的掌控之中。
团藏对伊比喜的能力还是知道的七七八八的，所以基本猜测到了伊比喜的应对方案。事实证明，伊比喜被团藏看透了。
团藏吩咐两名手下将少年莫南抬到三号密室。
三号密室中有一个巨大的玻璃容器，容器中有一个长发男子，闭目躺在浅绿色的溶液中。
“幽乐……交给你的第一个任务就没有完成，你有什么想说的吗？”团藏有些愤怒，也有些失望，多年以前，他辛辛苦苦救下了这个枯魂一族唯一的幸存者，却没能从他身上得到多少汇报。这些年来，有很多特殊任务都是找枯魂幽乐帮忙执行的，但是幽乐任务的完成率是很低的，不足百分之五十。
“你要知道，‘根’的成员，哪怕只是犯一次错误就会失去生命。你啊你，真是浪费了你的姓氏！”团藏虽有怪罪幽乐的意思，但是也不能在这个节骨眼上惩罚幽乐。毕竟养了幽乐三十来年，也不差再养一些时间。
看到莫南躺在椅子上，呼吸匀称，团藏心知他就算不回答也是能够听到自己的讲话的：“不过这件事你别担心了，在救你回来的时候，我已经派人去处理那三个小鬼了。”
作为守护木叶的地下之根，黑暗之光，团藏可不同意什么狗屁的忍界交流生计划。在整个忍界之中，只有强者才在忍者的世界立于不败之地。而所谓的什么交流生一定会破坏强者独强的局面，若木叶是弱村，团藏可能还会尝试一下，但是木叶作为忍界向来最强大的村子，他坚决不容许这种削弱木叶在忍界中的地位的事情发生。
倘若在下忍毕业考的途中，最初派出的四个人能够有所收获或者枯魂幽乐可以完成任务，那么这个什么交流生的计划必然会在五影面前沦为笑柄，成为泡影。
敌村所派来的交流生都是一等一的人才，杀了就等于白赚。没有哪个忍村敢公然不满。
倘若枯魂幽乐能够在五影的注目中杀掉岩忍的小鬼，这个黑锅也只能由猿飞日斩来背。
死一名下忍可不止于发动战争，但是木叶向全世界示威的目的却可以得到充分的体现……
这个梦做得太满了，以至于没能实现。
但是，团藏还有后招……即夺回幽乐计划+灭杀交流生小队。
团藏对这次的计划感到十分满意，不仅成功救回了枯魂幽乐，避免了被日斩问出情报，并且还调虎离山，一石二鸟，趁木叶的暗部忍者回缩的时候去进攻外出执行任务的第六班下忍小队。
“日斩，你做梦都不会想到的……天翼是我的人。”团藏得意地望着上方，仿佛已经看到了日斩的一脸愁容。
去难域森林中侦查的暗部小队的队长就是天翼……团藏知道了日斩用假卷轴钓鱼的伎俩，只好假装中计安排部下抢下卷轴，但是并不会拆开，只要不拆开，日斩便不知道这个卷轴最终会出现在哪里。而不拆开卷轴还有一个好处，那就是会让日斩陷入迷茫，并且放送警惕。
“这个时间……天翼那边应该差不多了吧？”团藏对天翼很有信心。
……
天翼蓦然打了个喷嚏，由于面具的阻挡，他可以嗅到自己口水的味道。
“呃……”
天翼用雷遁锁链将迪法拖拽到身前，决定从这个小鬼身上先开刀。
“这个杀人的顺序也只是我随便选定的，你的能力决定了你需要第一个死去，小鬼，不要怪我了！”天翼猛然挥动苦无，力量足以在瞬间将迪法的喉咙割断。
但是……苦无的力道却被一团黄色的东西吞没掉了。
天翼感到身后出现了一股强大的杀气。
