（一） 农业税制的缺陷
以上个案研究凸显了20世纪90年代中国农村税费问题的严重性，不过，局部地区的调研报告并不能揭示农村税费问题存在的复杂根源。其复杂性不仅涉及农村税费的性质问题，还涉及过去农业税制本身的缺陷问题。
1 农业税制的计税依据及税率不合理
我国农业税制主要的税种是农业税和农林特产税，其征收的依据基本上是1959年6月颁布的《农业税条例》。农业特产税作为农业税的一部分，其实并不是一个独立的税种，其存在的缺陷是显而易见的，一方面，农业税和农业特产税在实际操作中常常两者重复征收。另一方面，农业特产税征收环节设计也不合理，造成了对应税产品在种植环节和收购环节的重复征税。
根据《农业税条例》规定，对粮食等主要农产品征收农业税根据常年产量确定，常年产量是批量根据土地的自然条件和当地一般经营情况而评定的正常年景下农作物的收获量，在实际征收农业税时，计税的常常产量基本上固定不变，而远远低于实际的农业产量。同时，一直以来，许多地方新开垦的耕地在减免期并没有及时纳入计税土地面积，造成有地无税，而各种开工的合用耕地使计税土地面积大量减少而又未及时核减，造成有税无地。因此，计税常年产量与计税土地面积严惩脱离，这造成了农业税的名义税率与实际税率的不相一致性，如《农业税条例》规定的名义税率为15.5%，而目前全国平均税率仅为3%（陈荟棂，2002）。
2 农业税的课税对象设定的正当性及其税负过重问题
如果根据上述农业实际税率低于《农业税条例》规定的名义税率来看，正如理论界和决策层经常声称的那样，农业增产却不增税，意味着我国农业实行的是轻税政策，但是如果要和其他国家横向相比以及从农业税的课税对象设定的正当性考虑，那么我国的农业税负担就并不是一项轻税的政策了。
首先，在国外，政府一般并不单独征收农业税，而是对农产品和工业品一样征收增值税，但是，在实际操作中，欧盟和美国等无一例外都对农产品采取各种各样的优惠政策（如免税、特别税率等），使农民的实际税负几乎接近于零。而我国目前实际执行的全国平均农业税率为8.8%，实际税收负担率（即农业税及其附加合计占实际农业产量的比例）为2.3%左右。这只仅仅是农业税部分，据测算，税外收费负担（三提留五统筹、义务工和积累工等）通常是农民农业税负担的3.2倍。这样，农业税和税外收费负担两项合计的实际负担一般达到10%以上（乔占平等，2003）。
其次，就国内城乡比较而言，城镇居民从事工商业交纳流转税和所得税，要考虑增值税和营业税的起征点规定和间接税的可转嫁性质。如城镇居民年收入在9600元（即月收入为800元）以下不纳税，城镇居民工薪阶层年收入在15600元以下，个体工商户年收入在14600元以下，其税收负担率不超过2%。城镇居民无收入或低收入不纳税，而农业不管收入多少，不管男女老少一律纳税，城乡居民税收负担相差4倍以上。实际上农民负担8.4%，是以农业总收入作为计税依据，总收入中包含成本、费用，若扣除成本以纯收入作为计税依据，则农民负担率更高（经庭如，2003）。此外，多数工商企业所承担的营业税和间接税是可以部分转嫁给消费者的，而农民进行农业生产而购置各类生产要素（如农药、种子、药肥、农用汽油、柴油和农业用电等）投入品实质上成了税赋的计征对象，这些投入品所含的增值税已经成为农产品的组成部分。由于农产品市场竞争激烈以及价格较低的特性，农产品所含的投入品税金不仅无法转让出去，而且农民自身还成为工商企业转嫁税收的对象。而且，农民所承担的农业税费负担具有直接税的特性，根本就无法转嫁了。
3 农业税制的负面影响
首先，农业税难以反映土地的级差地租以及农民收入的高低，不同肥瘦、灌溉等条件的土地产生的农民收入也不同，但是统一的征税标准造成实事不公平。如承包劣质土地规模大的农户要明显比承包规模小的优质土地农户承担更多税费负担。根据陶然等人（2003）的研究，20世纪90年代以后，农户的税费负担表现出明显的累退性，即收入越高的农户，其经营收入中来自农业的收入比例较低，税费负担也更轻，而那些收入较低农户的收入结构主要以农业收入为主，从而更容易受税负的影响。
其次，农业特产税的征收不利于种植结构的调整和乡镇财政的稳定。可是一旦某种农产品的特产税开始征收，就会造成地方财政收入对该种特产税收入的依赖性。农业特产税征收是按照“种什么，缴什么税”的计划经济思路设计的，如安徽歙县财政局反映，面对茶叶供过于求，有些农民想毁掉茶园改种其他作物，但对茶园征收农业特产税，而对耕地征农业税，且后者的负担轻于前者，由于农业特产税已纳入乡财政基数，这样改变种植结构，就势必影响乡镇利益而受到阻碍（马国贤等，2002）。此外，随着农村市场化进程的深入推进，各种经济作物以及粮食作物之间的收益率呈现均等化趋势，农业税仍然主要集中于种植业，而养殖业基本上不被征税，这不利于政府鼓励保护粮食等种植业发展的政策。同时，农业结构的频繁调整也会引起农业税和农业特产税在征管上的反复调整，不利于乡镇财政的稳定。
（二） 农村收费制度的性质及其存在的问题
20世纪80年代初，随着人民公社的撤销和乡镇政府的建立，财政预算内资金不能满足乡镇政府的正常运作需要。为了解决乡镇财政的资金缺口，国家授予乡镇政府的收费权，根据《乡（镇）财政管理实行办法》和《农民承担费用和劳务管理条例》的规定，乡镇政府可以征收用于本乡范围内的教育、计划生育、优抚、民兵训练、道路建设等公共事业的乡统筹费，农村教育集资费。这实际上是将应由财政预算内资金举办公共事业推给乡镇政府税外收费自筹资金安排支出。而且，由于上级政府划拨的资金不足，按照《乡（镇）财政管理实行办法》规定应由预算内资金负担的乡镇各种行政事业人员工资，也有相当一部分由自筹资金解决（刘书明，2001）。但是，农村收费制度由于其性质的扭曲以及财政民主制度的缺失而存在很多问题。
（1） 农村税费体制性质的扭曲。一般说来，收费的立项权是中央政府和地方政府，收费标准也由其自定；而税收本身具有固定性，税收立法权集中在最高权力机关。费与税的重要区别在于： 费的缴纳者从公共部门所提供的商品和服务中直接受益，费用的承担主体与受益主体是一致的，其缴纳的费用数量与受益程度之间存在一一对应的关系。但是，目前农村一些收费项目没有明显的利益报偿性，费用承担主任与受益主体、承担数量与受益程度不一致，不符合收费的一般原则，相反却符合税收的征收原则。如村提留中的公益金部分，用于五保户供养、特别困难户补助、合作医疗保健以及其他集体福利事业，这些属于社会公共福利事业。乡统筹费用于安排乡村两级办学、计划生育、优抚、民兵训练、修建乡村道路等民办公益事业。其中，乡村两级办学是国家九年义务教育的重要组成部分，办教育是全社会的责任。它不仅有助于本地的农村经济与社会发展，还是整个国家兴旺发达，提高国民素质的全社会性的基础工作。计划生育是国家的基本国策，不是哪个乡村的局部性工作。民兵熟练是国防事业的组成部分，优抚属于由国家兴办的事关社会安全保障的事业，它们都是为全国人民的共同利益服务的，是全社会的共同需要，属于典型的国家财政职能范围。因此，村提留中的公益金和乡统筹属于国家财政性资金，不属于集体财务性资金，应纳入国家财政预算管理，以税收的形式征收（陈荟棂，2002）。
（2） 农村收费项目、收费标准、收费依据以及收费主体机关的确立与规定存在的问题。
收费的项目繁多，多数地方达八九十项。山东省1984年对99个乡调查列出农民各种集资收费负担11类共计96项农民主要的费用负担，如各种集资项目（22项）、教育经费（20）、村干部非生产人员补贴（13）、管理支出（6）、计划生育支出（4）、民兵训练支出（3）、优抚支出（8）、公益事业支出（5）、交通建设支出（3）、文明村建设用工（4）以及其他22项等（余红，2000）。
缴纳的中央和省两级对收费项目和数额方面的规定对农民不透明，农民根本就不知道哪些是应该缴纳的，哪些是不应该缴纳的，数额到底是多少。如乡镇打击刑事犯罪经费补助、乡镇建科网、建计划生育宣传站、县城环境改造等各类集资，村办公房修缮、差旅费等各类管理费，计划生育小分队等各类补贴收费。
地方政府自行规定的搭车收费项目比较多，甚至层层加码。如在征收民办教师工资、学校办公费等各类教育经费时，有些地方政府会顺带收取诸如建设文明村的开街修路费、农村医疗费、建设敬老院费、修路义务工补贴费等。
由于部门各行其是，对农民的重复收费项目多，收费数额严重脱离实际。比如在湖北某市，驾驶员交通法规及相关知识考试费就要120元，办个身份证要交费30元（刘炜，2003）。近年国家先后取消了数千个收费项目。
（3） 农村收费制度具有“人头税”的特点，按人头平摊，缺乏社会公正。首先，这种税费制度与农民收入水平、承担能力之间没有正向联系，却和农民的身份有着天然的、终生的联系。许多地方农村每户一册的《农民负担监督卡》中就明文向十几岁的未婚男女，七八十的老妪按人头每年征收1.5元的计划生育费。又如虽然各地的“基地民兵”早在十几年前就已销声匿迹，但民兵训练费还是按人头每年0.5元照收不误。而且，即使对于那些早已脱离农业生产进入城市的农民来说，一纸户籍不仅注定了他们这辈子取得的收入都要被家乡的政府“统筹提留”，去为“稳定这一大局”作贡献（张岸元等，2000）。其次，农村“三提五统”具有明显的累退性，按现行政策规定，农民上缴的“三提五统”不超过上年人均纯收入的5%，并以一乡或一村的人均纯收入为计提标准。这样，如果一户的收入超过所在乡或村的人均收入，其负担就会低于5%；反之，就会高于5%，也就是说，收入越低，负担越重。从这个意义上说，“三乱”（乱收费、乱集资、乱摊派）加重的主要是贫苦农民的负担。在农村贫富悬殊日益扩大的今天，这种劫贫济富的做法只会加剧阶级矛盾，引发冲突（王绍光等，2001）。
（4） 农村税费征收程序与方式的不规范性。由于国务院规定了“三提五统”的征收标准不能超过农民上年人均纯收入的5%，许多地方政府在实际征收过程中常常采用“倒推法”，即先根据政府财政的需求和上缴税收任务，确定将要征收的“三提五统”的总目标，再除以5%，从而反向指定当地农民上年纯收入，这就是所谓的虚报农民收入，常常引起农民的强烈不满。况且，在具体征收过程中，征收方式不规范，不仅多部门、多环节容易出现重复收费，而且各级乡镇与村干部在实际过程中很容易产生贪污腐败行为，如随意改变本村（乡）应交（税）费的人口数目或隐瞒实际交纳的人口数等方式扣留私吞“三提五统”的款项。
（5） 作为“预算外资金”，农村收费收入的支出缺乏预算制度的约束，一方面，资金使用效率低下，另一方面，造成地方政府的腐败、寻租行为。农村收费的统一征收和统筹使用意味着跨部门，甚至跨地区的再分配；而收费中的“谁收取、谁所有、谁使用”的权属关系意味着部门间、地区间的苦乐不均。资金统筹使用可以提高资金使用效率，资金分散使用却可能造成收费多的部门浪费资金，而收费少的部门无法履行基本职能。除了加重农民负担外，“三乱”还是造成以权代法、腐败横行、部门分割、政出多门、效率低下和社会不公的制度根源。例如，进入“小金库”的预算外资金就很容易被随意支配和使用。乡镇政府用来盖楼堂馆所、买高级轿车、配置移动电话、发奖金的钱以及乡村干部大吃大喝和请客送礼的钱，几乎全部来自收费和罚款资金。由于难以监管，这类资金被挪用、贪污的情况也屡见不鲜（王绍光等，2001）。
