一个文明的衰落，其原因在于文明交往，在于不同文明之间和各自文明内部之间的诸多因素。
以印第安文明来说，西方文明的外来入侵，殖民主义的杀戮，是一个大多数研究者公认的原因。在外来因素中，后来又发现在欧洲对美洲灾难性征服因素之外，对印第安人说来，更具有杀伤力的是伴随欧洲人而来的完全陌生的疾病。据统计，在欧洲移民到美洲的100年间，因染病而死的印第安人，占印度安人数的90——95%，人口由500万下降至400万。
在印第安文明内部交往方面，法国史学家萨格·古辛斯基把这场衰落悲剧的起因归咎于古代拉丁美洲文明交往中的一个固有缺陷：精英文化与大众文化之间缺乏交流。印加与阿兹台克的僧侣们，沉湎于复杂的文字与抽象的数学、天文学研究，而忽略了支持他们存在的大众的物质生活需要。关注下层民众的社会生活，这是很有见地的见解。在同一文明的内部交往中，精英文化和大众文化群体之间的交流，对物质文明和精神文明的提高，是一个非常重要的因素。印第安文明这一缺陷，是族群衰亡的肇因之一。这种肇因在人类历史上是屡见不鲜的。
谈到印第安文明的衰落，这一族群生存的主客观条件是一个被忽视的方面。生存环境的恶化，往往导致古文明的衰落，而生活于这一环境中的族群健康，也是文明兴衰的关键因素。在这方面美国俄亥俄大学人类学家理查德·斯科特与阿肯色大学经济学家杰罗姆·罗斯领导的考察队的研究成果值得注意。在这支50余位人类学、病理学、历史学、经济学等不同领域的学者参加的报告中，认为美洲印第安人的健康状况，早在1492年哥伦布到达之前，已经逐渐衰退。这个报告的重要意义有以下几点：
1、研究详细广泛，力求分析社会与地理环境对印第安人健康状况的影响。考察队累计研究了12500具印第安人的遗骨，这些遗骨是发掘自南美洲北部至东部的广大地区。研究不限于发育、疾病感染状况，而且结合同时出土的文物，进行综合分析。研究没有停留在面上的考察，而是重点对关节性病、牙科病、残余软组织与外痕迹的病变状况，这几个部位能够影响人体的健康。约翰·霍普金斯大学名誉教授、历史学家菲利普·科廷称赞这个报告是一部详尽反映美洲传播的美洲传染病与健康历史。
2、分析了美洲印第安文明早熟性对内部交往的作用，指出这是印第安人健康衰落的根源。早熟性表现于传统农业的发展与城市的兴起。矛盾表现在长达5000年农耕史和2000年城市发展史的正负面效果：农业培植植物的卓越成就与实际生产中的有限性，耕作技术的提高与养活全体居的巨大差距，社会巨大的等级差异与食物供应中上层与平民的悬殊性，城市规模的急剧增大与相对落后的城市卫生系统，导致了各种流行病的传播。食物供应不足与结构的单一化，使绝大多数人长期蛋白质与矿物质摄入不足，而出现骸骨中疏松的蜂窝质。
3、健康状况与文明发达地区的反差。居民健康状况最差的地区，分布在最发达的秘鲁、玻利维亚边境和帝华纳科地区。X光透视显示这些居民骨龄大多数不超过35岁。最健康的居民，在前农业文明时期的沿海地区，其原因是：这些地区生活水平相当的居民，无层床叠架的国家机器的压迫，可免超经济的劳役负担；海洋的鱼类和贝类，为他提供营养丰富的食谱；定居点相对隔绝，降低了传染病规模。
4、医疗卫生条件极度落后。对秘鲁安第斯山中发现的1000年前木乃伊解剖结果，1/3患肺结核病，其流行之广，可见医学卫生发展处于襁褓状态，与巫术治疗有关，也与城市排污系统落后和活人祭祀对城市的污染有关。遗骨中牙周炎、骨折病症非常普遍，证实了初到美洲的圣多明我派神父日记中所写的事实：用煮熟的兔脑摩擦牙床治牙龈疼痛，用6块火山石蒸薰后夹在关节炎病人大腿中间。至于用巫术治病就更不用说了。
当然，这种内部交往中的因素，并不能排除殖民主义时代的种族灭绝造成的恶果。它只是说明，印第安文明在欧洲人到来之前，已经有许多衰落因素。正因为如此，在与强势文明交往中，印第安人才处于节节败退的被动状态。总之，西方人对美洲印第安人的征服是落后民族被先进民族征服而导致前者文化灭绝或人为保留的明显事例。
