安庆一战，太平军虽然能全身而退，但损失惨重，死伤人数达五六千人，相当一部分是百战之兵。清军方面，伤亡情况也不乐观，新军减员一千多人，整编的旧军队伤亡过半。
安庆地理位置险要，是扼守长江，屏障江宁的重要军事据点。朝廷一方的曾国藩、胡林翼和彭玉麟都看出了此地的重要性。李书星这些年一直在研究兵书战策和历史上的战例，同样看出安庆的关键，所以才派遣最得力的军政要员主持安庆战役。
相反，来源于农民的杨秀清等太平军将领，暂时还没有那等眼光，一路上攻城略地，从来都没有真正占据一座城市，建立根据地，前期的指导思想就是占领江宁，建立国都。
朝廷对各地暴乱的镇压只能分散对抗，因为起义太多了，分布零散，根本就不适合结集大兵团作战。因此，采取以遍布全国的多股少数兵力层层阻击，迟滞消耗敌军，再以少量精锐师团制敌死命的战略方针。
安庆战役后，太平天国势力依然雄强，沿途清军势单力薄，无人敢撄其锋，短短数日，太平军连克贵池、铜陵和芜湖，兵锋直指镇江、扬州和江宁。尤其是镇江和瓜州，京杭大运河的咽喉所在，一旦控制这两地，就等于掐断了南北漕运往来，抓住了朝廷的经济命脉。
十九世纪的中国，北方因为过度垦殖，气候恶劣，生产力低下，产粮和经济作物都不足以支撑大清国运转，京师主要靠南方解往的漕粮养活，清廷的财政基本上靠漕银支撑。李书星虽然对自己的计划充满信心，但也不敢过分大意，从附近州府抽调优势兵力，布置在扬州和苏州一带。
另外，抽调江浙一带的旧军队驰援江宁城，江宁将军祥厚主持南京防御，江苏巡抚杨文定守镇江，漕督杨殿邦据瓜州。传令向荣部加快追击的步伐，收拢沿途的清兵，集中力量骚扰太平军。
然而，顺江而下太平军有六七十万之众，具备战斗力的军队至少有十多万，江宁附近的清军只有数万人，而城内最多有两万兵丁，原有的新军早就被抽调到苏州和扬州两城。可惜，向荣胆怯了，一路上借故拖延，想避开江宁这场战役，因为他心里如明镜一般，当前的局势非常不利，太平军志在江宁城，这将是一场空前绝后的大战役，生死难料。
中兴三年三月初，太平军前锋李开芳部开抵南京，在城外与张炳垣率领的新军发生了激战。张炳垣是个有胆有识之人，计谋百出，作战勇敢，米店伙计出身，两年前，带领数百名练勇加入了新军，屡立战功，很快就荣升为营长。
张炳垣是土生土长的江宁人，熟悉地形，因为执行一项特殊任务才和太平军遭遇上。李开芳是个外来户，人数虽然占了优势，但被张炳垣耍了个晕头转向，一时半刻还奈何不了他们，当太平军后续部队赶来的时候，张炳垣已经带领部队转移了。
林凤翔率领的精锐之师与李开芳汇合后，占领了江宁城南的雨花台，分兵至通济门和朝阳门一带，列营二十多座，在报恩寺塔架起数千斤的大炮，准备进攻聚宝门。太平军水营的战船，从大胜州至七里州一带，密密麻麻，绵延数十里，严密封锁了整个江面，从西北两面截断清军的援救。
两日后，太平军的主力全部到位，占据了城外的重要据点，修筑营垒，对江宁城完成了合围。城南以聚宝门为重点，城北以仪凤门为主攻方向，展开全面进攻，昼夜轰击，炮火连连，城内多处建筑被轰平，夜晚又放火焚烧城外的寺庙、古迹。城上的清军也不甘示弱，城墙高厚，固若金汤，朝着城外的太平军凶猛的发射火炮，顿时火光冲天，声势浩大，城里城外处处是喊叫声，不断有人倒了下去，尸积如山。
三月五日，杨秀清命令城北的太平军，以静海寺为掩护，开始向城里挖掘地道，准备实施地穴战术，埋炸药于城墙根。地道挖掘工程十分艰巨，为了防止清军破坏，太平军轮番对城里进行骚扰，一面向城里打炮作掩护，另一面组织人马佯攻。反正太平军人数上占优势，兵分几拨，昼夜不停的攻击，其他各门的攻势也不敢松懈，使清军长期处于紧张状态下，不但疲劳清军，而且也使清军的炮弹大批浪费掉。
经十个昼夜的挖掘，仪凤门的隧道挖掘已经告罄，总攻即将开始。翌日清晨，忙碌了一夜的清兵还在沉睡，他们实在太疲倦了，可是，一阵地动山摇的爆炸声，惊醒了所有的人，仪凤门的城墙被炸塌两丈有余，其他城门的太平军同时发起猛攻，配合仪凤门的攻势，攻城云梯、绳索等攻城器械全用上了。
守门清军大惊失色，急忙内退。太平军突击队数百名，扬旗呐喊，敲锣打鼓，冲入城内，兵分两路，一路攻向东南，直取鼓楼；另一路经金川门、神策门，沿着柳巷，直奔鸡笼山，人头攒动，旗帜招展，刀枪林立。
鸡笼山攻破后，再次分兵两路，一路直奔太平门，与清军展开激战，另一路经成贤街，过太平桥，在黄家塘路口，无意中杀了仓皇而逃的两江总督陆建瀛。但是，江宁城内街道纵横，太平军人少又分散，更不熟悉地形，在巷战中吃了大亏，后援部队也接应不上。南京城内驻扎了不少旗人部队，战斗力甚强，战斗意志也坚决，迅速组织反攻，极力歼灭突入城中的太平军，很快就被逼着原路撤了出去。
城破督死的消息迅速传播开来，守城的清军顿时乱了马脚，胆寒心惊，坚守的信心锐减。中午时分，太平军将领林凤翔和赖汉英率众数千人，架云梯由聚宝门右侧破城而入，紧接着，水西门和旱西门的太平军亦乘虚而入，三门大开，军队大批进城，控制了西南半城。
南京城内的天地会部众不断在城内搞破坏，粘贴天德王光复金陵的布告，搞得城内人心惶惶，士兵杯弓蛇影，江宁城的守军意志不断被瓦解。江宁城全线告破，太平军从各城门纷纷而入，步骑如云，杀声震天，提督洪珠阿和总兵裕宽也因寡不敌众，被太平军斩杀于乱阵中。
南京城虽然被攻克，但满城尚在旗人的控制下，守将是祥厚，满洲镶红旗人，世袭骑都尉，官拜江宁将军，统领八旗兵驻防满城。江宁满城是原明朝皇宫旧城，城垣极其坚固，防御工事完备。因为太平军推行对旗人的无区别杀戮的政策，城中旗人只得与太平军死战到底，因此满城的战斗异常惨烈。
杨秀清亲自坐镇指挥，太平军主力全部围攻在满城周围，奋力拼杀，数万兵勇像潮水般冲向满城。城中旗人疯狂反扑，妇女、老人和孩子都上城作战，总因力量悬殊而城破人亡，祥厚拔剑自刎，副都统霍隆阿被杀。
满城一战，太平军付出惨重代价，阵亡千余人，伤者无数，洪秀全开始疯狂的报复，不分男女老幼，凡是抵抗的旗人全部斩杀。未成年幼童四千余人，悉数被阉割，存活者不到一成，年轻妇女近六千余人，被押入别院，供日后驱使奴役。
满城被攻破后，江宁城算是彻底失陷，太平军乘机扩大战果，全城捕杀旗人和清军。洪秀全发布诏令“擒获旗人者，赏银五两”，到城内平静的时候，两万多旗人几乎被斩杀殆尽，太平军也付出数万人的惨痛代价，积尸如山，血流成河，全面占领了江宁。
为了确保江宁城的安全，东王杨秀清派遣李开芳、林凤翔和罗大纲率部向镇江和扬州进发。太平军分路夹击，炮船千艘，蔽江而下，过仪征，至金山，罗大纲部很快就占领的镇江城，以重兵把守。
但是，进攻扬州城的李开芳和林凤翔一部受到阻击，还没有到城下，就被拦截到城外数里外，激战数日，只好退守到浦口扎营固守。太平军又派遣数万大军扎营在浦口、瓜州等江北各地，组成一道防线，捍卫江宁城的安全。
因为历史发生了改变，江宁战役少了石达开，攻坚战也有了偏移，尤其是罗大纲得到洪秀全的重用，充分发挥了水师的优势，为攻破江宁城立下汗马功劳。按说此地被李书星经营的数年，不应被轻易攻破，但是，圣旨下达的时候，大部分新军已经撤退到苏州和扬州一带，取而代之的是两江未整编的八旗兵和绿营。
众臣都不知道皇上打的什么主意，从结果上看，明显是要放弃江宁城，说得好听点，就是“请君入瓮”。因为四周的几处重要城池加派了重兵，隐隐约约形成了对江宁城的大包围，扬州、苏州和安庆形成一个大三角，成犄角之势。
江宁陷落，局势再次发生剧变。
