燕王的主要谋士
姚广孝自开始成为朱元璋的四子燕王朱棣的谋臣之后，便以劝说朱棣谋取帝位为己任。尤其是在朱元璋驾崩、朱允炆即位之后，姚广孝更是以各种方法和途径，甚至用巫术占卜来“激励”朱棣去夺取帝位。
洪武十五年（1382年）八月，马皇后病逝，明太祖朱元璋命选有道高僧侍奉诸王，为诸王诵经荐福。宗泐此时为左善世，他对老朋友道衍的才学极为钦佩，遂向明廷举荐。明太祖第四子朱棣召见道衍，与之交谈，甚为投契。朱棣于洪武三年（1370年）封为燕王，洪武十三年（1380年）就藩北平。“貌奇伟美髭髯，智勇有大略。”正是道衍暗中寻觅的有为之主。朱棣和道衍都有远大的政治抱负，一拍即合，相见恨晚。朱棣请他出山相助，道衍毫不犹豫，欣然应诺。于是，跟随燕王北上，来到北平。为了交往方便，又可遮人耳目，朱棣请他住持庆寿寺。但他对佛事并不操心，而“出入府中迹甚密，时时屏人语”。很快，姚广孝成了朱棣的重要谋士。
洪武二十五年四月丙子，太子朱标病死，皇储之位成了空缺。这时朱元璋已经65岁了。晚年丧子悲痛是自不待言，重要的是要重新确定谁来做事业的继承人。朱元璋在东角门上对群臣痛哭。翰林学士刘三吾上前劝慰，他从宗法制出发，认为懿文太子之子朱允炆当继承储位，他说：“皇孙世适（同嫡），富于春秋，正位储极，四海系心，皇上无忧矣。”朱元璋采纳了这个建议，在同年九月立朱允炆为皇太孙，这时朱允炆年仅10岁。
消息传到北平，朱棣想当储君的念想成了泡影，闷闷不乐。姚广孝告诉他，塞翁失马，焉知非福，以后的日子还长，不必泄气；眼下最要紧的是借讨伐蒙古残部，壮大军事力量。
这样过了几年，到洪武三十一年（1398年）闰五月，朱元璋驾崩，皇太孙朱允炆继位，下诏改明年为建文元年，是为建文帝。
建文帝身边有两个亲信辅臣，一个是兵部左侍郎齐泰，一个是侍读学士黄子澄。他俩都清楚，最大的危险来自拥兵在外的藩王，所以当务之急是削夺藩王的权势，以巩固中央集权。这一考虑本是正确的，但是建文帝和他的辅臣十分迂阔，缺乏处理现实政治问题的机变和才能，结果在操作中出现了重大失误。
既然要削藩，就得选准目标。诸王中燕王势力最强，所以只要迅速削弱了他，别的藩王也就不制自服了。可是黄子澄却迂腐地认为“图难于其易”，应先翦除别的藩王，最后再动燕王。
这种“打草惊蛇”的办法，使燕王获得了充足的准备时间，使姚广孝觅得了伺机反扑的计策。
燕王也知道建文帝必定要削藩，可是一时之间又拿不定主意，只好靠装病来避免建文帝的猜忌。但是，随着周王、湘王、齐王、桂王、岷王或被削去藩号，或废为庶人，或终身幽禁，或被赐死，燕王“唇亡齿寒”的感觉一天比一天严重，恐惧之下很想举兵反抗，但又下不了这个决心。要知道，建文帝是名正言顺当上皇帝的，自己贸然起兵反抗朝廷，这可是大逆不道的篡位之举，能有多少胜算？
姚广孝敏锐地觉察到燕王的矛盾心情。事已至此，有进无退，退则必然成为建文帝的阶下囚。姚广孝采用了许多计策，极力鼓动燕王立即起兵。
在燕王缺少自信心的情况下，正常的劝说反倒不如巫术迷信来得有效。姚广孝调动了种种奇方异术，千方百计为燕王撑腰打气。
他学过阴阳术数之学，略通占卜。有一次他拿着三枚铜钱，请燕王玩“观音课”的占卜游戏。燕王刚掷出一枚铜钱，姚广孝就假装惊讶跳起来说：“殿下要做皇帝吗？”燕王欲说还休，马上制止说：“不得胡说！”但从燕王的神情中，姚广孝已猜出：燕王想承认，又不敢承认。另有一次，二人在一起玩对对联的游戏，燕王先出上联：“天寒地冻，水无一点不成水（冰）。”姚广孝略加思索，立即对出下联：“世乱民贫，王不出头谁做主。”燕王虽明白姚广孝的语意，但还是沉吟不语。
光靠自己的力量不够，姚广孝又请来“外援”。他召相面先生袁珙来北平。他先在燕王面前渲染袁珙的相术如何灵验，惹起了燕王的好奇心，同意袁珙来为自己相一次。燕王故意穿上卫兵的服装，和其他九个卫兵混在一起在酒馆饮酒，而后召袁珙进来辨识。姚广孝早已把燕王的神态告知了袁珙，袁珙又是察言观色的老手，自然轻而易举地就认出了燕王。他走进酒馆一看，马上就跪在燕王面前，说：“殿下怎么这么不自爱，穿着士兵的服装呢？”燕王给9个卫兵使了个眼色，那9个卫士故意笑话袁珙，说他认错了人。但袁珙就是认准了燕王，长跪不起，口口声声称殿下。燕王见袁珙果然神通广大，便带他回宫密谈。到了宫中，袁珙又仔细端祥了燕王一番，说：“殿下龙行虎步，日角插天，怕不是个太平天子吧？”燕王回答：“近日廷臣屡议削藩，区区北平，尚恐难保，还有什么奢望？”袁珙趁势说道：“殿下已年近40了，一过40，胡须长过了肚脐，就能登上皇位。如果不应验，就请挖去我的双眼！”燕王十分高兴，重赏了袁珙，同时严嘱不得对外人泄露此事。
袁珙刚走，姚广孝又请来了另一位朋友金忠。金忠精通《易经》，善于卜筮，在北平以占卜为生，生意兴隆，人称之为神人。燕王以生病为名，召金忠前来占卜。金忠巧施手段，使燕王得了一个“铸印乘轩”的吉卦，并借机发挥道：“这个卦象贵不可言。”暗示燕王有天子之命，要顺应天命，切勿坐失良机。
字也猜了，面也相了，卦也算了，种种迹象都表明燕王有望成功。燕王信心大增，向姚广孝公开表明了心意，决意发难。二人朝夕聚谋，紧锣密鼓地准备起兵。
要起兵就要先练兵。由于此时建文帝已在北平燕王府布置了许多耳目，监视燕王的一举一动。练兵又不是小阵势，如何能掩入耳目？姚广孝便命人在王府后苑建了一个大地下室，上面再盖上房屋，周围一圈是又高又厚的墙垣，墙根下再埋上大大小小的瓮缸。为了不使打造军器、操练士兵的声音外泄，他又让人在后苑养了大群的鹅鸭，用鹅鸭的叫声来遮掩练兵的声音。
但是日子久了，没有不透风的墙，建文帝终于得到了可靠的消息：燕王要起兵谋反。在与齐泰、黄子澄二位辅臣商议之后，建文帝诏令北平都指挥张信逮捕燕王，但由于建文帝情报不灵，事先根本不知道张信与燕王过从甚密，暗中通气。结果，张信不但不去逮捕燕王，反而把建文帝的密令告诉了燕王。
燕王知道箭已在弦，不得不发。立即召来姚广孝、金忠等人，密议举兵。
起兵的檄文，是姚广孝精心撰写的。为了避免犯上作乱的指责，檄文把起兵的目的说成了是“清君侧”，即要除掉奸臣齐泰、黄子澄，而不说是针对建文帝的。
但姚广孝又告诉燕王，一旦起兵，就不要再承认建文年号，而沿用洪武年号，以显示燕王与朱元璋的特殊关系和感情，收揽人心。
一切布置停当后，建文元年（1399年）七月五日，燕王在北平誓师，正式起兵反抗朝廷。
不脱僧衣而得善终
在燕王夺权成功以后，姚广孝作为功高盖世的元勋，处在十分微妙的位置上。姚广孝具有清醒的政治头脑，不能无“狡兔死、良狗烹”之防和功高震主之惧。明太祖朱元璋曾大杀功臣，以巩固皇权。明成祖会不会效法其父，姚广孝不得而知。他不能不未雨绸缪。姚广孝坚持不脱袈裟，其奥妙概于此也。这正表现了他超人的智谋。他继续当和尚，表明对权势的超脱和没有政治野心，使他的权势反而更牢固，又能安度晚年，得以善终。
建文四年（公元1402年）六月，燕王朱棣的“靖难”大军集结于南京城下，建文帝政权大势已去，不久，大将李景隆等开门献城迎接燕王，京城遂陷落。宫中火起，建文帝不知所终。
至此，靖难之役降下了帷幕。燕王朱棣登基称帝，改元“永乐”，是为明成祖。
朱棣当了皇帝，来不及掸去身上的征尘，便开始了双管齐下的行动：一边血腥镇压反对派，一边慷慨地大封功臣。
姚广孝虽未亲临战阵攻城略地，但运筹帷幄之中，取胜于千里之外，功绩堪比汉代的萧何与张良，所以成祖毫不犹豫地把他列为第一功臣。那些浴血奋战的武将，也对姚广孝极为佩服，甘居其后。
既然是第一功臣，自然要大加封赏。但姚广孝坚辞不受，只接受了一个僧录司左善司的僧官。他对成祖说：“当年若没有僧录司左善司宗泐的推荐，就没有今天；自己接受这个僧官，权作记念吧！至于其他正式的官号，也就不必了；自己住惯了禅寺，不愿住在官府里。”
成祖觉得过意不去，要他蓄发还俗，他坚执不肯。成祖所赐予的豪华宅第，他也推辞不要。成祖没有办法，就以他上了年纪需要人照顾为由，送给他两个漂亮的宫女。姚广孝推托不过，便采用“冷冻搁置”的办法，既不赶宫女走，也从不接近她们。日子久了，那两个宫女自感无趣，便又返回了宫中。
姚广孝知道，自己虽助成祖做了件大事，但在正统的士大夫眼里，这是篡逆行为，搞的是阴谋诡计。有一次，他去拜访旧友王宾，王宾竟闭门不见；他去看望自己的同母姐姐，姐姐也不让他进门。这使他很伤心，也受到很大触动。
成祖初入南京时，对建文帝的旧臣大开杀戒，杀了齐泰、黄子澄、铁铉和户部侍郎卓敬、礼部尚书陈迪等多人，其中对文学博士方孝孺的杀戮最为惨毒，诛灭十族。
方孝孺是一代名儒，姚广孝对他很敬慕。早在燕王大举南下时，姚广孝就跪在燕王面前密启道：“臣有一事相求。南京有文学博士方孝孺，素有学行。倘若殿下武成入京，请千万不要杀他。若杀了他，天下读书的种子就断绝了。”燕王入京，本欲让方孝孺草拟登基诏书，但方孝孺誓死不从，并当众大骂燕王。燕王恼羞成怒，下令灭其十族。古来最厉害的刑罚就是“诛九族”，是指父族四辈、母族三辈、妻族两辈以内的亲属。燕王连方孝孺的朋友、门生也一并捕来，充为十族，遭牵连诛杀的共有873人。
成祖的暴行，引起御史大夫景清的强烈仇恨。一天，他怀刀入朝，想行刺成祖，结果刀被搜出。成祖大怒，将他剥皮杀死，同时连景氏九族及乡里亲朋故旧也株连被害，村里为墟。这种杀戮辗转牵连，如瓜蔓之蔓延，被人称为“瓜蔓抄”。
姚广孝感到，再听任成祖这样杀戮下去，势必会出大问题。他进朝议事，密劝成祖道：“建文帝的铁杆大臣已经诛杀殆尽了，对其他旧臣，要安抚、说服，都可继续任用；再说，建文帝在位只4年，其臣僚绝大多数是明太祖选拔的，成祖继承的是太祖的基业，完全可以顺理成章地任用他们。夺天下容易治天下难，杀人太多，就会失掉民心，甚至会引起动荡，留下隐患。”
成祖闻言醒悟，停止了对建文旧臣的清算和诛杀。为了表示诚意，还有意重用建文旧臣，成立内阁时，让解缙等7人当了内阁大学士。
但姚广孝毕竟是高人一筹的智臣。在功成名就之后，并且皇帝也对他言听计从之时，仍保持着清醒的头脑。他不再以刘秉忠自命，并一再称自己“不是高阳酒徒（郦食其）”，“不入非熊（姜子牙）梦”。他将自己比作“既倦终宵巡瓮下”的老病之猫，并为“谁念前功能保爱”而深感不安。洪武功臣的悲惨下场给他留下印象太深刻了。
姚广孝在成为达官贵人之后，除了继续当和尚，还有一点高明之处，即不蓄私产。他曾因公干至家乡长洲，乃将朝廷所赐金帛财物散予宗族乡人，自己不留积蓄。这与历来巧取豪夺、营殖家产的封建官僚不啻有天壤之别。
暮年的姚广孝虽未任七卿要职，然所任太子少师却是实职，与后来此职不同。“时上狩北京，广孝留辅太子。自是以后，东宫师、傅终明世皆虚衔，于太子辅导之职无与也。”
永乐二年六月，在受官太子少师后两个月，姚广孝又以钦差身份前往苏湖赈济。这是一种特殊荣誉。离别故乡20余年后，他终于衣锦还乡了。这次还乡的兴奋中，也伴随着怅然之感。他的父母均已去世，“垅墓既无，祖业何在？岁时祭扫，曾不可得。”他只好将父母灵位放进了少时出家的妙智庵。
他回京后畜养一只雄鸡，每晨闻鸡而起，壮心未已地度过了一生最后十数个年头。他辅导太子居守京师，并为太孙讲读华盖殿。而他晚年最有成效的工作，则是先后主持了《永乐大典》和《明太祖实录》两部大书的编修。
原主持编修《永乐大典》的解缙并未理解皇帝指令编修这部巨帙的宗旨。永乐二年二月书成上呈，定名《文献大成》。“既而上览其书，更多未备，复命姚广孝等重修。”永乐五年，这部包罗经、史、子、集、百家、天文、地志、阴阳、医、卜、僧、道、技艺之言，多达两万多卷巨帙的类书，在姚广孝主持下完成，定名为《永乐大典》。《永乐大典》共有22937卷，分装成11095册，字数达三亿七千万。大部遗失，现存仅714卷。姚广孝参加纂修《永乐大典》，对我国古代文化事业，做出了不朽的贡献。
永乐九年，77岁的姚广孝再次受任监修官，主持《明太祖实录》的重新编修。从此直至他去世，大约6年多时间，他兢兢业业地完成了此项工作。这次修成的《明太祖实录》就是今天所见三修本。这是一次真正重修，所用时间和全书内容都大大超过了前两次修纂。但是当永乐十六年（1418年）五月书成，朱棣设宴赏赐有关人员时，为此耗尽余生的姚广孝却已在两月前与世长辞了。
姚广孝以谋略才智成功地保护了自己，终其世深受成祖宠信。成祖往来两都，出塞北征，皆以姚广孝留辅太子，坐镇南京。姚广孝84岁时病重，不能朝见，仍居于庆寿寺。成祖多次亲往探望。
姚广孝大化归天之后，成祖极为哀痛，命礼部和僧录司为他隆重治丧，以僧礼安葬，并停止视朝两天。赐葬于房山县之北，谥为“恭靖”。
