到万历时期，群臣与皇帝的对抗发展得更为激烈，这就是万历朝持续三十年之久的“国本之争”。
所谓“国本”，就是皇位继承人。明神宗万历皇帝的长子叫朱常洛，是万历皇帝早年偶然间与一位宫女所生，三子叫朱常洵，是万历后来与自己最心爱的女人郑贵妃所生。按万历对两个女人的感情来说，自然是更喜欢朱常洵，所以想册封朱常洵为皇位继承人。
这个想法立刻遭到了全体大臣的反对，原因很简单，按照“圣人之言”：皇位继承人必须以长为大，要立长子朱常洛为太子。
中国古代这种“嫡长制”本毫无理由，无论皇子的素质，只选年长者为继承，弊端甚多。然而食古不化的大臣们却认为此乃天理，动摇不得。为了维护正统，在万历十四年，首辅大臣申时行上奏《请册立东宫以重国本疏》，要求皇帝立年长的朱常洛为太子，奏折立即引起满朝文武的共鸣，紧接着，各部府司道诸衙门也都纷纷上奏，户部、吏部、刑部等全卷入进来，言辞激烈，万历皇帝一怒之下，将其中几位官员处分，罢官外放，从此也拉开了长达十几年的波及整个朝廷的“国本之争”序幕。
与嘉靖时代一样，道学家们过分注重名誉的言行再次显现出来。为了道统上的“真理”而前赴后继，他们奋不顾身。此时两位小皇子年龄尚幼，除了年龄差别之外，并没有文化、能力的差距，无所谓优劣，但在文官们眼里，皇位继任人问题是直接关系到大明王朝兴衰存亡的关键，只有依照先祖所定嫡长有序法则才是正途。这偏偏是万历皇帝所不愿意的，从他个人情感来讲，他对朱常洵的生母郑贵妃一直宠幸有加，喜爱这个儿子远过于长子，祖训与感情的矛盾，在万历这里成为一个死结，迟迟不愿妥协。
君臣就这样犟着，谁都不让步。一晃又过了三年，万历十七年，皇长子朱常洛已长成少年，到了读书学习的年龄，大臣们希望皇帝不要耽误皇子的教育，于是，吏部与礼部两位尚书联合上奏，要求万历对朱常洛及早进行“预教”（出阁读书）。这个“预教”形式一旦举行，就等于事实上承认了朱常洛的太子地位。万历很无奈，皇子的年龄已经不小了，他只好答应第二年举行建储典礼。
但一年之后，万历有些反悔，他在情感上无论如何都不能接受让这个儿子接管大明江山，只好继续找借口拖延，朝廷内外纷纷传言神宗将废长立幼，大臣们与皇帝继续耗下去。
和嘉靖时代一样，文官们热衷于追求名义上的合理化，为了某个名正言顺的说辞争辩数年、乃至数十年，大打口水战。面对万历的“违背祖训”，首都北京的官员、陪都南京的官员、地方的大员及他们的下属官员，纷纷上奏疏，像雪花片一样纷至沓来，要求皇帝正名义，必须尽快立大儿子朱常洛为继承人，没有任何妥协的余地。
一晃又是两年过去，春去秋来，两个皇子都已长大成人。皇帝越发感到无奈，尽管他是万人之上的君主，可面对先哲圣贤的祖训家规，却无法撼动。到万历二十一年，万历试图再次延缓立储，寄希望能有转机出现，这一次，来了个“曲线救国”，搞“三王并封”，以手诏示大学士王锡爵，把皇长子常洛、皇次子常洵和皇五子常浩一并封王，待以后再从三人中选有才能者立为太子。这样依旧是没有确立继承人，激起了朝臣们大大不满，他们发现皇帝在玩太极。
群臣对“道统”的争论又开始了，和曾经的“大礼仪之争”如出一辙，群情激愤，反对“三王并封”的奏章纷至沓来，堆满了皇帝桌子，总数有上百本，强烈要求让皇长子朱常洛“明春先行出阁讲学礼”。至此，万历不得不妥协，皇长子得以入阁读书，群臣压力改变了皇帝的决策。
后来，又经过群臣连续八年之久的数十次奏请，直至皇太后施加压力，在万历二十九年，长子朱常洛终于被立为皇太子，万历喜爱的次子朱常洵只能封为福王，这起长达十多年的“国本之争”以群臣们对抗皇帝，最终群臣胜出。
我们反思明朝这个事件，很难做出明确的是非判断。大臣们的胜利并不代表他们就是正确的，相反，那位被群臣推上继承者位置的朱常洛，后来登极仅仅一个月，就因纵欲而暴死，波及整个朝廷；万历皇帝则在个人意愿和祖宗家训中徘徊，他的失败与其说是个人情感的妥协，不如说是在中国社会传统伦理下，“道统名义”的理学思想已经成为束缚一切言行举止的桎梏。
是也，非也？最让人感到悲哀的是群臣集体思想。从明朝的“大礼仪”、“国本之争”这些现象中，我们看到的是中国封建社会后期的知识分子们一个个精神扭曲，仿佛集体吃了毒药般，在思想教条的灌输下，成为礼教的卫道士。他们在国家政策、民生大计上很少表现得团结热情，却在虚无的道统天理上成为清一色程朱理学的遵从者，最后以“祖制”战胜皇帝个人，惨胜告终，当他们额手相庆时，这些争论对国家民生又有何关联呢？
二十多年来，万历帝在一次次理想被现实击破中变得失望，更对群臣们执拗不肯罢休的态度显得伤心。在年复一年的争执中，万历皇帝耗尽了他的精力，理想与现实相悖，从最初的焦灼烦恼变为无可奈何，渐渐对手下的臣子们不再信任，也对整个国家的事务心灰意冷。万历开始冷漠手下的官员，不愿与他们交流，以一种消极逃避的方式对抗，越到后期，他越深居后宫，闭门不出，连上朝也懒得上，自称有病在身。眼不见心不烦。他没有嘉靖那样的强硬态度，更不会动辄暴打群臣，只好装聋作哑，避免冲突，这是他最好的选择。
明神宗万历帝在历史上的名声很不好。他是大明在位时间最长的君主，长达二十年不上朝，不理政事，导致明王朝后期积病严重，行政瘫痪，官场上贪污腐败，乃至于后世修史者认为“明实亡于神宗（万历）”。
但与其说国家的衰落罪魁祸首在于皇帝，不如说这种灾难是整个文官群体所引起的。自宋明以后，中国知识分子群体的思想日趋保守，动辄空谈心性，讲究祖训，他们遵从变异的儒家思想，把程朱理学奉为至高无上的真理，灌输到国家政策的点点滴滴、广大社会的每一个角落，从而影响到所有的人和事，连皇帝也不能幸免。
早在万历是小孩子的时候，他是个聪明乖巧、早熟懂事的继承者。有一天小万历下课之后，高兴地写了一幅书法字，送给他的老师张居正，本想得到老师的认可，谁知张居正看了之后，脸色一变，严肃地说道：“皇帝是国家的主宰，不可把精力花费在这些奇巧淫技上，北宋的宋徽宗就是书画大家，可正是他亡了国，让百姓生灵涂炭。”小小年纪的万历默不做声，对张居正言听计从。这样的细节小事或许发生过很多，想必也是万历皇帝日后逆反心理的一个根源。
万历皇帝本人是个悲哀，从小到大，他身为帝王，却一生在腐儒文官们的约束下生活。他十岁就当皇帝，可少年时期一切听从张居正的安排，成年后又长达数十年遭文官们口诛笔伐，与其说他昏聩无能，不如说他处处受制，最后变得心灰意冷，不想再有所作为。
另一方面，由于万历本身有病，患有严重关节炎，行走不便，变得慵懒，没有祭祀天地、宗庙，这自然引起了大臣们的不满。万历只好解释：“朕病愈，岂不欲出！即如祖宗庙祀大典也要亲行，圣母生身大恩也要时常定省。只是腰痛脚软，行立不便。”通过当代考古工作，挖掘定陵发现，万历的尸骨脊柱成畸形和S畸形，说明这位皇帝生前确实患有严重的足疾。
但长年的争执已使得皇帝与大臣互不信任，大臣们认为皇帝不过在找借口，拖延时日，实则是沉迷后宫，耽于酒色，致使身体虚弱。劝谏书纷纷而来，影射皇帝有不良作风问题，更对皇帝的个人隐私进行无端猜测、诽谤。
客观来说，万历本人过失严重，对国家不负责任，应该指责。但文官群体的偏激固执，以祖训、礼教压人，把皇帝逼到绝路，不给皇帝面子，连皇帝的私生活、家事都要捕风捉影，大做文章，使得皇帝本人彻底失去信心，破罐子破摔了——这种类似现象早在明成祖、明世宗身上就有发生。
明朝文官们的固执和偏执，已经发展到令人抓狂地步：
如果说当年海瑞骂嘉靖皇帝还基于事实，言语中充满对皇帝的期望，那么万历朝的文官们则已经变味为“炒作”。他们的言论夸张，往往凭借着小道消息，空穴来风，就以大不敬的言辞对皇帝质疑，已经超出了一个“良臣”所劝诫的范围。在《明史》中我们能发现许多这样的指责：御史冯从吾上书：“谓圣体违和，欲以此自掩……天下后世，岂可欺乎？”认为万历是故意装病，欺骗天下。礼部主事卢红春则说：“若真疾耶？则当以宗社为重，毋务为豫乐以为基祸，若非疾也，则当以诏旨为重，毋务以矫饰以起疑。”没有经过任何调查，就信口开河地指责皇帝欺瞒，故意没病装病。户科给事中田大益说：“陛下专志财利，自私藏外，绝不措意。中外群工，因而泄泄。君臣上下，曾无一念及民。空言相蒙，人怨天怒，妖祲变异，罔不毕集。”认为万历皇帝自私贪财，欺骗臣工，导致了上天发怒，妖气横生。
当着那么多人的面被指责挖苦，这是难以容忍的。万历脾气再好，也不会愿意在众目睽睽下讨论自己是否“好色”、“爱财”这些问题，他被文官们激得越来越恼怒，可狂热的士大夫们并不善罢甘休，把“国本之争”与万历怠政紧密联系起来，口诛笔伐，言之凿凿，在皇宫大殿上慷慨激昂地演说。
有一次，礼部尚书洪乃春指责万历帝：“前几日听说陛下因为骑马摔伤额头，头晕目眩所以不上早朝。如果真是这个原因，那无足轻重，可如果‘头晕目眩’是因为沉溺女色、饮酒作乐的话，那么就是大祸将至了。”万历帝是否沉溺女色在史料中缺乏明确记载，但众所周知他一生只钟情郑贵妃，两人感情甚好，而且万历患有严重关节炎，行走不便，常常呆在后宫静养。
饱读史书的文官们潜意识里都认定，皇帝是在重蹈以往君王之覆辙，既然不上早朝，那肯定是昨晚又纵情于声色。洪乃春这样一批官员对万历的无端怀疑，让万历异常恼怒，终于，这位脾气好的帝王发威了，下令将洪乃春拖出去杖打六十，狠狠惩罚。
岂料，洪乃春遭受廷杖后，不仅没有起到“杀一儆百”作用，反而激发了更多官员。为什么？因为万历实在太仁慈，没有太祖、成祖、世宗那样的残酷好杀，只是打六十下屁股，既不抄家，也不流放，更无性命之危险，反而这些因直谏受罚的官员会以“忠臣”的名声广为传播，甚至名留青史。文官们把成本、收益细细一算：用一次受罚换得名声，实在是一件很划算的事情。于是直谏、怒斥、指责皇帝的官员越来越多，关心的并非所论究竟是否属实，而是能否凭借尖利刻薄的言辞哗众取宠，一举成名。通过骂皇帝，骂举足轻重大臣来证明自己存在的价值，以捞取政治资本！
一个个都从最初的怀疑到最后肆无顾及地漫骂：
工科给事中王德完上书大肆斥责：“民何负于君？而鱼肉蚕食至于此极耶！”说万历是鱼肉百姓，蚕食天下。
户科给事中田大益痛斥皇帝：“陛下驱率虎狼，飞而食人，使天下之人，剥肤而吸髓，重足而累息，以致天灾地坼，山崩川竭。”更是大骂万历乃恶毒虎狼，导致天下崩乱，国家灾难。
大理寺评事雒于仁上奏折《酒色财气四箴疏》，痛斥万历皇帝“嗜酒”、“好色”、“爱财”、“暴虐”等等，其中文辞，几乎就是破口大骂。
左副都御史张养蒙也指责神宗“好逸”、“好疑”、“好胜”、“好货”，这具有异曲同工之妙的抨击，前后相继，如出一辙，将万历皇帝置于铺天盖地的非议之中。
文官们的漫骂越来越过分，这其中，右都御史漕运总督李三才上书指责皇帝：“今阙政猥多，而陛下病源则在溺志货财”，乃至于“陛下迩来乱政，不减六代之季”，甚至说出了“天神共愤，大难将作”的骇人心魄的话来。
万历竟然对这些漫骂不加理会，换作是其他君王，恐怕这些文臣死十次都够了。
尽管皇帝本人怠政，但主要原因是万历的心灰意冷和疾病在身，至于所谓的好色、暴虐、嗜酒纯属空穴来风，是文臣们根据历史上诸多昏君臆想出来的一个万历形象。相比较其他朝代，万历朝的大臣们许多指责都是无中生有、乃至恶毒攻击，没有根据万历帝客观情况就肆意漫骂，实在是丧失了士大夫的精神。
从明朝中后期，社会凋敝，世风日下，接受程朱理学的书呆子们逐渐变为假道学，一个个口中说得冠冕堂皇，其实内心叵测。文官们鲜有务实的政策利民，只把指责、对抗皇帝当做捞取政治资本，谁骂得越狠，谁就越是忠臣。而那位骂皇帝最狠的李三才，就是因为这样的奏疏，被朝野传颂，成为大大的“直臣”，被大家拥戴入阁！
明朝哲学家李贽曾有句话，一语道破这些人的本质：“今世风日下，阳为道学，阴为富贵。”
追名逐利，其实本质相同。官员贪图富贵、捞取钱财是社会腐败现象，同样，文官群体刻意追求名节，沽名卖直，以各种极端手法顶撞皇帝，大肆炒作自己，也是社会心理腐败的一部分。人们看到明朝的溃烂往往是官员对于“物质”的贪图，其实，官员们对“名声”泛滥索取显得更加肮脏丑恶。
当时礼部尚书于慎行看清了这点，对官场“沽名卖直”的现象深感痛心。在明人张萱的《西园闻见录》中，记载有于慎行对官场现象一针见血的评论：“近世士大夫以气节相高，不恤生死，往往视廷杖戍谴为登仙之路。一遭斥谪，意气扬扬，目上趾高，傲视一世，正所谓意气有加也。”
文官们动辄以“气节”为由，把遭朝廷贬斥当做“登仙之路”，越是激昂慷慨、越是遭皇帝贬斥，就越是得意洋洋，因为之前的海瑞、李三才都是因为骂皇帝而受到文官群体的赞颂，乃至于不仅没有生命威胁，反而能升官，又能留名，何乐而不为？
少数真正的君子看清了这种现象，大学士许国就点破过：“迩来谏言成风，可要名，可躐秩，又可掩过，故人竞趋之为捷径，此风既成，莫可救止。”
海瑞当年骂皇帝，是抱着一颗忧国忧民的忠诚之心，充其量只能说他迂腐愚忠。海瑞之后，官员们纷纷效仿，早已变味，目的却是为了能像海瑞那样晋升高官，通过自我炒作的方式，获取政治资本。大明朝人心浮躁，世风日下，世态炎凉，内部的腐烂越发加深，倘若海瑞还能再活二十年，看到万历朝官员们争先恐后以骂皇帝为荣，恐怕他真要欲哭无泪，仰天长叹了。
文官们完全丧失了自身价值，在进言时唯恐不能激怒皇帝，甚至耸人听闻，故作激切，以遂其私。为了“批判”而批判，可谓是群体精神迷失到了极端。
时间长了，万历也看透了这种伎俩，由最初的震怒转为麻木，也反过来赤裸裸揭露他们的嘴脸：“汝等于常时每每归过于上，市恩取誉。辄屡借风闻之语，讪上要直，鬻货欺君，嗜利不轨，汝等何独无言，好生可恶，且汝等不闻‘宫中府中事皆一体’之语乎？何每每搜扬君过，沽名速迁为？”——你们每每搜查我的隐私、宣扬我的错误，不就是为了制造忠臣名声，可以让内阁升迁你们官职吗？
在《明史》中，我们看到，万历帝对诸多的漫骂的回应态度是“帝亦不听”、“帝亦不问”、“亦不报”，早就对这些恶意攻击麻木了。
万历开始装聋作哑，逃避朝政，以最消极的方式进行报复。礼部尚书于慎行是接触皇帝较近的人，他这样描述：“皇帝在御日久，通晓了人情世故，每次看到言官们上书陈谏，就会说：‘这又是个圈套。’此后哪怕遇见直言激切之臣，皇帝也全不动怒，装作没听见，说：‘这不过是大臣想沽名钓誉罢了，如果我生气处罚他们，我又会背上恶名，而他们又能扬名流传。’于是皇帝再不看谏书和奏折。”（“此不过欲沽名尔，若重处之，适以成其名。卷而封之。”）
比如万历二十四年，张养蒙效仿雒于仁之故伎，又给万历扣上了好逸、好疑、好胜、好货四大罪名，结果神宗一笑了之，干脆没有理睬这种小人套路。
所谓众口铄金，积毁销骨，明朝后期的文官们好“清议”，每天在朝廷上议论是非，相互攻讦，互揭隐私。这些褊狭、迂腐的所谓清议君子以舌为枪、唇为剑，在政争中党同伐异，混淆是非，他们骂倒了张居正，骂倒了万历皇帝，同样面对自己的同僚也毫不留情，乃至引发严重党争，君臣上下一团糟，很多有才华的大臣甚至而卷入攻讦中，被周围人搞得身败名裂，下场可悲。所谓后人有评论曰：“清议酷于律令，清议之人酷于治狱之吏。律令所冤，赖清议以明之，虽死犹生也；清议所冤，万古无反案矣。”
人言可畏，人言可畏！这其中，与万历皇帝同病相怜、遭受言官诽谤的一位名臣，就是明朝后期的一位杰出人物——熊廷弼，他成为“清议”和“党争”的牺牲品。
熊廷弼其人才华横溢，有胆略，知兵事，为明末“辽东三杰”之一。当时东北女真人兴起，努尔哈赤率大军进攻明朝边境，“萨尔浒之战”威震明廷。作为中央派遣到辽东统领军事的熊廷弼，迅速调整军事防御，大力整顿边疆，采取“以守为攻”战略，联合朝鲜牵制后金，稳定了局势，使得后金一年时间不敢出兵辽东。
但朝廷上的言官文臣们却开始弹劾熊廷弼，理由是他“闭而自守”，不主动出兵。加上熊廷弼本人性格耿直，有啥说啥，常常与那些搬弄是非的言官辩论争吵，这就更使得朝廷上许多官员对他恨之入骨。自熊廷弼掌管辽东地区以来，言官们就没有停止过对他的攻击，把他当做眼中钉、肉中刺，诋毁诽谤，有人上书称“军马不训练，将领不部署，人心不亲附”，又有人挖苦他“出关逾年，漫无定画，蒲河失守，匿不上闻”——几乎成为恶意捏造，漫骂造谣，把好好一个辽东能臣说成是昏庸腐化之人。
相反，万历虽然怠政慵懒，但在大是大非面前颇有主见，他知道熊廷弼是难得的人才，更看清朝廷里那些言官数十年来的所作所为，所以全力支持熊廷弼，为他说话：“辽事败坏，皆地方官玩曷所致，熊廷弼一意振刷，恢复封疆，朕深切依赖”，并语重心长地告诉熊廷弼“毋为人言所阻”。
历史的事实是多么具有讽刺意味：赫赫有名的辽东能臣熊廷弼得不到那些激昂空讲大道理的群臣的支持，反而得到了被言官们漫骂成“贪酒好色”的万历皇帝的全力支持，直到万历皇帝临死之前，还念念不忘熊廷弼镇守辽东之事，别的奏折他可以不看，唯独熊廷弼的奏折不可不看，无一不答，随上随下。在君臣两人的相互理解、相互支持下，辽东局势迅速恢复，阻挡了后金，已然占据了优势，后金首领努尔哈赤最怕的就是这位“熊蛮子”。
可是，熊廷弼终于还是失去了万历这个坚强的后盾。公元1620年，万历四十八年的炎炎夏日，在大明皇宫燥热和不安氛围中，做了近半个世纪皇帝的万历灯枯油尽，在群臣的指责声、漫骂声中结束了他的生命。他的一生在周围人的教导、批评、指责声中度过，从他少年坐上皇位的那一天起，他的生命就已注定了永远不能过自己想要的生活。他对祖宗家法、长辈老臣们的消极反抗，引来的是整个朝廷肆无忌惮的漫骂指责，席卷了整个时代，也消泯了帝国的精神。
新皇帝泰昌帝即位，这一年也是泰昌元年，很快，言官文臣们就开始口诛笔伐，又大肆攻讦熊廷弼，仅仅在御史阵营里，就有八个人弹劾他懦弱无能，三个人弹劾他欺君罔上，喋喋不休地恳请皇帝罢免，如不罢免，辽东必不可保。熊廷弼气愤之极，上书为自己辩护，而御史张修德又参劾他“破坏辽阳”，一大批言官唾沫横飞。终于，熊廷弼在文官群体的攻讦下身心疲惫，心灰意冷，自己主动上缴了先帝赐给的上方宝剑，辞职回乡，悲凉地说了一句“辽已转危为安，臣且之生致死”——辽东在我的努力下已经转危为安了，至于微臣本人的生死已经无足轻重。
仅仅在万历死后的两个月，袁应泰就取代了熊廷弼成为辽东经略。这位袁应泰性格宽和，很少得罪朝廷上的言官，自然受到群臣的青睐；然而正是这位被群臣选出来的辽东经略，在一年后就被后金攻破辽沈阳，尽失要地，袁应泰本人也自杀身死。
万历朝的数十年宫廷争吵，耗尽了皇帝和大臣们的心血。而明王朝的江山，也在这喋喋不休、重意气轻是非的清议声中走到尽头。
