1510年11月至1513年11月，哥白尼担任了神甫会办公厅主任。这是一项很高的行政职务。他的职责是负责编写给波兰国王和十字军骑士团的信件，为各种正式文件加盖印章，监督神甫会的账户。
1512年，哥白尼还管理过食品供应，即负责监督面包厂、啤酒厂和磨坊的工作，以及神甫们日常食品的分配。
1516年，患病的神甫苏赫滕向神甫会提交了传统的工作报告后提出辞呈。神甫会接受了他的辞职请求。
然后，通过投票表决选举哥白尼接替苏赫滕的职务。这是对哥白尼的莫大信任。
哥白尼管理神甫会财产一直至1521年6月，中间只间隔很短一段时间。
担任神甫会财产管理人，要承担许多经济义务和行政义务，要掌管瓦尔米亚的两个地区，即奥尔什丁地区和皮耶宁日诺地区的经济和收入。
担任这一职务的人可以毫不费力地利用职权为自己捞取可观的资本，在当时这是常见的现象。为此人们总要选举特别信得过的人担任这一职务，希望能有一个有能力的好管家。
神甫会章程规定，新当选的财产管理人要进行专门的宣誓：“保证如实地向神甫会报告奥尔什丁和皮耶宁日诺两个地区的所有收支账目。”
与此同时采取了许多监督性措施，旨在把营私舞弊和贪污的可能性减少到最低限度；尽管如此，仍不能彻底杜绝。未经神甫会同意，管理人不得出售粮食，但却可以“凭良心”去做林木买卖。
管理人有权对奥尔什丁和皮耶宁日诺地区受神甫会统治的所有人，其中包括住在这里的贵族，行使审判权。也有权罢免奥尔什丁和皮耶宁日诺的两座城堡的司令官。
此外，有义务对司库和其他掌管财务的人实行监督。管理人的工作主要是经济性的，为此他必须解决有关农村生活的所有问题，其中包括安置新移民、确定纳税标准等。
哥白尼掌管的地产范围遍及奥尔什丁佃户区的34个村庄和皮耶宁日诺佃户区的67个村庄。
此外还管理着位于这片土地上的两座城堡，并负责维护两座堡垒的防御性能，为此承担一些军事防御任务。
作为行政管理人，哥白尼的办公地点就设在奥尔什丁城堡，该城堡位于奥尔什丁城西北部的韦纳河畔。奥尔什丁城堡连同这座建有堡垒的城市，是当时整个瓦尔米亚防御最好的要塞。
哥白尼是一位一专多能的人。在弗龙堡一带，人们都知道哥白尼是神甫，也是神医。
村里有人病了，就来找哥白尼诊治，其中大多是贫苦的村民。因为哥白尼不但不收费，甚至连药费也赔上。大家看哥白尼不光是医术精湛，而且平易近人，乐善好施，都十分感动。尤其是那些被治愈的病人更是感激不尽，他们热泪盈眶地说：“哥白尼大人，您真是一位大好人，我们怎样感谢您才好呢？”
哥白尼微微一笑，回答说：“我不是什么大人，我同你们一样，是普普通通的人。我学习了知识，就要报效人民，这是我的光荣与幸福。而且，由于我的父亲就死于一场瘟疫，所以，我对病人就格外同情。”
在弗龙堡附近有一条乌巴达河，过去，夏季暴风雨一来，河水猛涨，泛滥成灾。哥白尼来到这儿之后，就建议在河里筑坝，装上闸门，并在河旁再修一条运河。把水引到山脚下，然后用铁链挂油篓将水提到山上的水塔上去，再安装水管，把水送到千家万户。
这是哥白尼亲自设计的。百姓们知道了甭提多高兴了，大家兴高采烈地干了几个月，完成了这项与大家的切身利益相关的水利工程。
全城百姓都从装好的水管中吃到了清甜的水。从此，两岸百姓不再惧怕河水肆虐。
湍湍的流水还可以推动磨坊里的水车磨面、榨油。人们看到哥白尼如此的恩德，都从心眼里敬重他。
哥白尼不但是一名优秀的医生，同时也是一个出色的货币专家。当时波兰一度发生了严重的货币危机，为了追求利润，有些制造商往往随意减少货币中的贵金属含量，致使伪币大量充斥市场。
据统计，流通在波兰市场上的伪币有17种之多，通用的钱币不断贬值，物价飞涨，人心惶惶。
所谓伪币，是指重量或贵金属低于表面价值的钱币。伪币流通，其结果是价值较高的真币在市场上越来越少。
因为有人将真币作为储藏金钱的好方法而大量囤积，有些人则将它运往国外重新熔炼制造出更多的伪币。
这便是伪币驱逐真币的规律。这个规律一直是以16世纪一个英国经济学家格雷欣的名字来命名的，因为是他首先发现了这个规律。
哥白尼运用他的数学知识和经济理论。在1517年，他曾写了《深思熟虑》的论文，后来为了让更多的人了解这篇论文，哥白尼把它从拉丁文译为德文，题目也改得更通俗，叫《造币方法》。
在《造币方法》一文中，哥白尼提出了一种远远高于当时水平的货币理论，为波兰的货币改革指明了方向。
哥白尼曾一针见血地明确指出：“最大的犯罪和无法弥补的过错是国家统治者、管理者或者其他愚昧之人想从造币事业上谋取好处，于是他们就增加流通的货币数量，而新增货币的贵重金属含量是不足的。”
“搞这种名堂的人不仅伤害了自己的居民，也损害了自己，得到的好处只是暂时的，而且是微小的。他的行为就好像一位吝啬的农夫，为了节省良种就播种下坏种子，到头来收获的恶果要比播下去的坏种子还多。由此使货币的信誉遭到破坏，就好像杂草窒息了禾苗一样。”
所以，哥白尼主张改革币制，将以前贬值的货币回收销毁；最好能建立一个各国之间的“货币同盟”，共同发行一种货币。
但由于当时时机尚不成熟，哥白尼的方案只得到了部分的采纳。在这项有关货币改革的动议中，人们毫不含糊地称哥白尼为全面的经济学家。
后来发现了哥白尼写的关于货币的论文，时间比格雷欣还要早，也就是说哥白尼比格雷欣更早发现了这种经济规律。于是经济学家便把“格雷欣定理”改成了“哥白尼—格雷欣定理”。
1513年，哥白尼接到改革历法国际委员会主席、米德尔堡的保罗的邀请，让他参加改革方案的制订工作。
哥白尼虽然把自己提出的历法改革方案寄给了主席，却拒绝亲自到意大利直接参与这一工作。
因为哥白尼知道，只有准确了解太阳和月球的运行情况之后，才有可能进行历法改革，而当时太阳和月球的运行规律还在探讨之中。
哥白尼曾在《天体运行论》中写道：“在拉特兰主教会议上讨论了教会历书的修改问题。当时这件事悬而未决，这是因为年和月的长度以及太阳和月亮的运动测定得还不够精确。从那个时候开始，我在当时主持改历事务的保罗主教的倡导下，开始把注意力转向这些课题的更精密的研究。”
哥白尼从不做不切实际的事。但对于实际上与群众有利的事，哪怕再微不足道的，他也乐于去做。
在弗龙堡海边有许多渔民，他们每天都出海打鱼。每当海上刮起台风或来了暴雨，渔民的妻儿就忧心似焚，望眼欲穿。
哥白尼就利用地球是圆形的这一原理，让他们在渔船的桅杆上绑上色彩绚丽的发光物。
这样，当船在距离海岸还很远的地方，岸上的人们虽然未见船身，但能看到桅杆上闪光的物件，这样，人们就可以早点知道亲人正在安然返航。
又有一次，他到维什市视察工作，发现当地的面包价格很乱，而且分量严重不足。当时面包是一般市民的主食，也是贫苦人家唯一的食品。
哥白尼觉得对这个问题不应熟视无睹。于是哥白尼走访了很多面包房，了解了他们的支出与收入情况，记录了很多面包的价格与分量，最后编制了一份“面包定价表”，用来规范当地的面包市场。
在编制“面包定价表”时，哥白尼本着公正、合理的宗旨，也就是说他既要为居民着想，尽可能压低面包价格，又要使面包匠有适当的收入。
哥白尼作为神甫会财产的管理人，是一位好管家。他不仅为神甫会服务，也用自己的智慧和劳动为贫苦人民服务，从中可以发现他对贫苦人民的一片同情之心。因此贫苦人民是尊崇他的，他们把哥白尼看做自己的庇护者和代言人。
哥白尼是多才多艺的人，不管是在天文学、医学还是法学，以及在经济学和行政管理上，他都有着出色表现。
文艺复兴时期的杰出代表们大都多才多艺，德才兼备。哥白尼也正是凭借着在天文学上的优秀表现，成为众多璀璨明星中最为耀眼的一颗。
