两种说法，实质为一，都声称“天意”所然。这里，并无谴责清朝肆意屠杀的意思，实为之辩解。就具体政策而言，高宗扫荡准部，确属野蛮至极，无可原谅。若从历史的发展看问题，沧海之变，常常是靠无尽的生命与鲜血才换来的；西北边疆得以巩固，收入版图，是经历了数十年反复较量，耗尽无数财富，用血与火才达到了目的。这就是说，历史的每一次飞跃，总是要付出重大的甚至是惨重的代价。实际上，无论是准部，还是清朝，乃至全国都付出了牺牲。自此以后，西北得以安宁，且牢牢地处于清朝的直接控制之下，真正成为中国版图不可分割的一部分。
新疆是中国西北部的边陲地区。它北与蒙古、西与俄国及部分中亚国家如阿富汗、巴基斯坦等国相邻接。论面积，它是全国最大的一个省区。在沙俄割占以前，其面积比现在的新疆还要大得多。这一广大地区自古就是中国的领土。秦汉时，这里称西域，至清代，高宗时改称新疆。有关它的历史记载，可与历代王朝的更迭相终始。
天山山脉横亘新疆中部，西起葱岭，东抵哈密，延袤数千里，把新疆自然分成两大部分：天山以北，习惯称北疆，以南称南疆。清代，又称北疆为天山北路，南疆称天山南路。所谓回部，即指天山南路，这里是维吾尔族聚居地区。唐宋时，始称为回纥，又写作回鹘。后又称“回回”，大抵是由“回纥”音转而来。所以，清代又把这一地区叫做回部，北疆所居之准噶尔则简称准部。回部、准部既概指民族，也是对这些地区的称谓。
回部宗教信仰，唐以前皆信佛教，约自北宋初，伊斯兰教传人南疆，至元以后而盛不衰，舍佛教而代之，成为回部“独尊”的宗教。
明清之际，统治回部的是叶尔羌汗国，为元太祖次子察合台的后裔所建。清人关后，顺治三年（1646），叶尔羌迅速与清朝建立了政治上的隶属关系，朝贡不断，双方不存在任何问题。但是，叶尔羌很快陷入内乱之中。一方面，伊斯兰教在南疆传播过程中，形成了“黑山宗”（以头戴黑色单帽为标识）与“白山宗”（以头戴白色单帽为标识）两大派系，引发出激烈的教派之争，互为倾轧。一方面，准部崛起，以噶尔丹为开端，吞并南疆，灭亡叶尔羌汗国；其后又有策妄阿拉布坦、噶尔丹策零、达瓦齐等先后入侵南疆，实行极为残酷的统治，将各城诸汗及大批维吾尔人迁往天山以北准噶尔地区，他们的酋长、宗教领袖被囚于伊犁。所以，内乱教派纷争与“外患”交织在一起，南疆回部四分五裂。
乾隆二十年（1755）六月，清军定伊犁，达瓦齐被擒获。被囚于伊犁的大、小和卓木即布拉尼敦、霍集占兄弟，也被清军营救出来。根据高宗指令，派军队护送布拉尼敦回故地叶尔羌，扶植他统治南疆。他所属的白山宗得势，黑山宗则受到无端的迫害。其弟霍集占仍被留于伊犁，掌管当地回民事务。阿睦尔撒纳叛乱时，霍集占暗中率众助逆。阿败，他逃回叶尔羌，鼓动其兄布拉尼敦与清朝脱离关系而自立，声称：“我祖宗世以此受制于人，今幸强邻（指准部）已灭，无偪处者，不以此时自立国，乃长为人奴仆，非计！中国所得准部，反侧未定，兵不能来；即来，我夺险拒之，馈饷不继，可不战挫也。”他自立为“巴图尔汗”，传檄各城，集士马、糗粮以待。
听霍集占之言，实属狂妄。他应该看到准部从噶尔丹到阿睦尔撒纳，哪个不强大？结果，都以身败名裂而终。南疆屡被准部侵吞，他们的父亲及他们兄弟俩不敌准部，相继被囚于伊犁，幸赖清军解救，护返故地，扶为南疆之主。他不图安宁，不自量力，故求一逞，企图自立于中国之外。毫无疑问，是分裂中国统一的罪恶行径。他很快付诸行动：拒绝执行清廷下达的政令，于乾隆二十二年三月，公然杀害了前往库车招抚的副都统阿敏道及随从满洲官兵百人。在他的煽动下，南疆回民及各城主同时响应，唯库车、拜城、阿克苏三城的阿奇伯木克鄂对拒绝起兵，逃往伊犁，其家属皆被叛军杀害。
乾隆二十三年（1758）春，高宗下令征讨，命雅尔哈善为靖逆将军，率军万余，首战库车城，将城包围起来。霍集占兄弟率万余鸟枪兵自阿克苏赶来解围。双方激战一整天，叛军大败入城。此正是捉拿霍集占兄弟的大好时机，于是，提督马得胜以城难攻，献掘地道计，力图尽快破城。谁料被叛军发现，用水灌地道，掘地道的清军尽没。雅尔哈善不曾料到，霍集占兄弟于六月十三日夜自城西门冲出，逃往阿克苏。事先，鄂对曾提醒雅尔哈善，叛军将逃，应予严备。但他不信不听，终日下棋，也不派兵巡视，故有此结果，延续了战争的时间。尤其是守西门的副都统顺德纳明知叛军逃跑，竟不发兵追击。高宗闻讯大怒，先后将雅尔哈善、顺德纳、马德胜革职，然后处死。参赞哈宁阿也难逃一死。
数日后，库车、阿克苏两城相继投降。
高宗改命尚书纳木扎尔代替雅尔哈善；这时，将军兆惠已完成对准部叛军的征剿，高宗命他移师南疆。乌什城伯克霍集斯派其子迎清军人城，赛里木城、沙雅尔城相继迎降。形势的发展，对清军十分有利。
霍集占兄弟如丧家之犬，狼狈南逃，所过城堡，均被拒绝接纳。霍集占只好逃到叶尔羌（新疆莎车），布拉尼敦则逃到喀什噶尔（新疆喀什），分守两地，作最后挣扎。
十月初六日，清军至叶尔羌。叛军屡次出城接战，均被清军击退，再也不敢出城。兆惠所率步骑仅4000人，大部兵马未集，无法围城，即择有水草处黑水河畔结营，称黑水营。十三日，兆惠挥千余骑渡河欲取其牧群，以充军实。不幸误中诡计，霍集占以步骑1.5万余，前后夹攻，迅速包围。清军拼死力战，多有伤亡，兆惠坐骑连毙两马，总兵高天喜、副都统三保、护军统领鄂实等重要将领都战死于阵中。至日落收兵回营，又被叛军包围起来。围困长达三个月，粮食将尽，杀马乃至杀人为食，兆惠和他的余众危在旦夕。此次大失误，在于孤军深入，对叛军估计不足，大部兵马未集，就深入“虎穴”，陷入危亡之中。
高宗得报，迅速派出援军前往解围。先有富德率所部与参赞大臣、驻阿克苏办事侍郎舒赫德部会合，疾驰赴援，于乾隆二十四年正月六日至呼尔城，与叛军遭遇，大战四昼夜，受阻而不能进兵。时值严冬，沙碛地无水，兵士皆嚼冰以解渴。正值危机，幸好有巴里坤大臣阿里衮率马、驼与部分援军至，接着，又有爱隆阿所部赶来，士气大振，三路人马乘夜突进。叛军虽多，不辨清军虚实，只听得驼、马嘶叫，“声尘合沓”，顿时崩溃，自相格杀，溃败而逃。将抵黑水营，兆惠判定援军已至，遂率部冲围，尽焚其垒，叛军大败入城。围解，清军会合。“自去年至今，孤军在万里外，陷重围者三月，卒得全，莫不喜极涕出。”为了国家的统一，为了保全国土的完整，清将士奋战在万里荒远之地，爬冰卧雪，血洒异乡，能不感人；平叛息乱，能不受到称颂！
清军整队回阿克苏集结。高宗马上进行新的部署，调兵遣将，筹集粮饷，征调驼、马，至六月，已调兵21万人、马3万匹、驼1万头，皆集于阿克苏。决策两路进兵：兆惠由乌什取喀什噶尔；富德由和阗（今和田）取叶尔羌。每路兵各1.5万。霍集占兄弟已被去冬以来清军浴血奋战所震慑，此时又得到清军大举南下的消息，知事不可为，即弃城驱人畜越葱岭西逃。六月十四日，兆惠部至喀什噶尔城；十八日，富德军至叶尔羌，当地回民“皆具鼓吹，进羊酒”，迎清军进城。
七月七日，清军追至阿尔楚山，大败叛军；二十五日，追至哈喇库勒，再败叛军。八月十日，至伊西洱库尔淖儿，这里是巴达克山部落交界处。霍集占兄弟作困兽之斗，挥部众死战，仍被英勇的清军击败，招降1.2万余人，牲畜以万计。兄弟两人仅携三四百人逃到巴达克山。在富德将军的严正要求下，该处酋长素尔坦沙下令逮捕了两兄弟，当即处死，并将霍集占的头颅献给了清军。
历时近两年艰苦征战，回部彻底平定，大功告成。如高宗所称：“关门以西，万有余里，悉入版图，如左右哈萨克、东西布鲁特，及回部各城，以次抚定，现在巴达克山诸部落，皆知献俘自效，捧檄前驱，以亘古不通中国之地，悉为我大清臣仆，稽之往牒，实为未有之盛事……”高宗的这番话，是对用兵准、回两部的总结，反映了当时的实况。他开疆拓土，实现了祖、父的未竟之业，消除了西北与天山南北的乱源，维持了这一地区长久的安定局面。这一结果，生动地证明了他把“盛世”推向前进。
高宗比其祖、父的高明之处，就是他已经深刻地认识到，要从根本上一劳永逸地消除西北地区准部及南疆回部动乱不止的根源，必须彻底改革其政治体制，把它们直接置于朝廷的控制之下。在平定叛乱之后，高宗迅即决策，在西北设置行政管理机构。乾隆二十七年（1762），以伊犁为“新疆都会”，仿东北地区建置，设“总管伊犁等处将军”，管理这一广大地区的军政财经庶务，将军驻惠远城，其下分设都统、副都统、参赞大臣、领队大臣、管理大臣、总管等各级官职，分驻各中心城镇。回疆地区，只用其旧名，诸如阿奇木伯克（总管）、伊沙噶伯克（协理）、噶杂拉齐伯克（专掌地亩钱粮）、商伯克（征输粮赋之官）、哈子伯克（掌诉讼）。废除原先由当地推举或父子相继的体制，以上各级官员统由朝廷指派、皇帝批准，管理回疆事务。他们作为朝廷命官，一则听命于朝廷与皇帝指令，接受任免；一则受本地参赞大臣等节制，又统于伊犁将军管辖。其次，派兵驻守。除了原有城镇驻兵，另外又相度地势和道里远近筑城驻兵，像惠远、惠宁、绥定、广仁、赡德、拱宸、熙春、塔尔奇、宁远等九城，都是这个时候修筑的，环伊犁而筑，星罗棋布，势若连珠。这样，新疆南北路都受到清军的严密控制。以往，清军平乱后迅即撤离，仍交由当地部落酋长管理，结果，又重新聚集力量，再掀叛乱。而今，清朝直接管理，派官驻兵，从根本上消除叛乱的客观条件，从此便安定下来。高宗采取又一项有力的措施，就是移民屯田。先派兵屯种，继之招募回民往伊犁等处屯垦，还将免死犯人发遣到这里开垦荒地。随着开垦的兴隆，再吸引内地人迁移，或从事贸易，于国家于个人皆有裨益。在高宗决策和倡导下，新疆屯田迅速发展起来，“东自巴里坤，西至伊犁；北自科布多，南至哈喇沙尔”，各类屯田如雨后春笋，遍地开花，充满了蓬勃生机。
写到这里，需要补叙一重大历史事件——土尔扈特人回归祖国。此事与高宗平定新疆有直接关系。原来，土尔扈特本为明时漠西厄鲁特蒙古四部之一，游牧于雅尔（新疆塔城）地区。当至明末，因不堪忍受准噶尔欺压，全部落迁移至俄国境内伏尔加河定居。但他们又受到沙俄的欺压，生活很艰难。一百余年过去了，他们心系祖国。乾隆二十三年，清军平息了阿睦尔撒纳，相当多的厄鲁特人纷纷逃人俄国，传送准噶尔被消灭的消息，于是激起厄鲁特人回归祖国的强烈愿望。在其首领渥巴锡汗的领导下，于乾隆三十五年（1770）冬，率部众近17万人，毅然重返故土。历经艰难险阻，渥巴锡率部冲破沙俄的阻断，行程万余里，于三十六年六月，终于抵达新疆伊犁边外。这时，渥巴锡部仅剩七万余人。高宗闻讯，毫不迟疑地表示欢迎他们归来。高宗被厄鲁特人的精神所感动，也对他们遭受苦难和付出的巨大牺牲表达了极大的同情。他指示调发牛羊、仓米、茶叶、羊裘、布匹、棉花、毡庐等大批物资，还调用200万两银购买物资，使他们的生活得到了周到的安排，从内心感受到祖国的温暖。同年九月，渥巴锡率属下大小头目应邀赴避暑山庄，高宗接见他们，赐渥巴锡为旧土尔扈特卓里克图汗，以下分别封为亲王、郡王、贝勒、贝子等爵。所部编旗，设扎萨克，以天山南路珠勒都斯地区为其游牧地。他们都受伊犁将军管辖。
土尔扈特人回归是一首悲壮的长歌，在清代民族关系史上无疑是一段值得传颂的佳话。此事发生在乾隆朝鼎盛时期，它给盛世增添了一份特有的光彩。高宗对此事处理确当，足见其心胸博大，识见宏远，不仅存活了七万余人，重要的是，在处理民族问题上树立了一个范例。
