康熙决定进攻台湾，引起了朝臣们的不同反应。水师提督万正色上奏：“台湾断不可取。”朝廷高级官员讨论“进剿方略”时，“咸谓海洋险远，风涛莫测，长驱制胜，难计万全”。闽海前线最高军事长官，镶黄旗满洲都统宁海将军喇哈达对进攻台湾也表示反对。支持以武力进剿台湾的，有内阁学士李光地、福建总督姚启圣、福建巡抚吴兴祚等人。李光地，福建安溪人。他深知不收复台湾，东南永无宁日，不用武力，平定无期。他们支持武力征剿台湾郑氏，反映了闽浙地主阶级、知识分子渴望消灭战乱，在沿海地区恢复和平与安定的社会秩序的愿望。
在康熙任命万正色担任福建水师提督前后，姚启圣曾一再上疏举荐施琅担任此职。但施琅因有长子施齐（化名王世泽）、族侄施亥（明良）都在郑氏集团供职，所以朝廷对他不甚信任，迟迟未予任用。后来姚启圣查实施齐、施亥因谋“擒郑逆献厦门以报本朝”，于十九年（1680年）二月事泄被杀，两人满门灭口，从而解除怀疑，使清廷恢复了对施琅的信任。康熙二十年（1681年）七月，李光地也推荐施琅：“他是海上世仇，其心可保，又熟悉海上情形。其人还有谋略，为海上所畏。”此时，万正色对康熙进取台湾的策略依然表示反对，但是康熙帝毅然采纳李光地的建议，任命施琅为福建水师提督，代替怯懦的万正色。他于七月二十八日向议政王大臣等宣布：
“今诸路逆贼俱已歼除，应以现在舟师破灭海贼。原任右都督施琅系海上投诚，且曾任福建水师提督，熟悉彼处地利、海寇情形，可仍以右都督充福建水师提督总兵官，加太子少保，前往福建。到日即与将军、总督、巡抚、提督商酌，尅期统领舟师进取澎湖、台湾。其万正色改为陆路提督，诺迈还京候补。”
对于启用施琅，那些不同意进攻台湾的朝臣们坚决反对，“以为不可遣，去必叛”。康熙则坚信：施琅不去，“台湾断不能定”。于是排除一切阻力，作出正确决择，表现了超人的胆略和见识。
三藩之乱后期，康熙帝在稳操胜券的情况下，把注意力转向了台湾。康熙十九年（1680年）八月，在台湾问题上，他同意大学士明珠所奏，闽疆新定，逋逃残寇应静等它消亡，再若梗化，进剿未晚。但君臣这一问答，已提出了用武力统一台湾问题。
康熙二十年（1681年）六月，姚启圣向康熙帝奏报郑经已死，台湾出现内乱的情况，康熙帝认定时机成熟，谕督抚提商讨平定台湾一事，毋误事机。七月，他决策进攻台湾，迅速调整人事，根据学士李光地、总督姚启圣的推荐，他任命施琅为福建水师提督加太子少保，与将军督抚商议克期进取台、澎，原水师提督万正色改任陆路提督以配合水师收复台湾的工作。
当时，收复台湾问题引起了大臣们的争论，当康熙帝决定武力征讨后，“重臣宿将，至于道路之口，言海可平者百无一焉”。当康熙问及剿取方略时，廷臣就都推说海波难测，没有可以制胜的办法。陆路提督万正色是其中代表人物之一。他认为“台湾难攻，且不必攻”。比较起来，总督姚启圣对于进攻台湾最为支持。但他对清朝自己的水师信心不足，因而信奉“吾但以贼攻贼，贼亡无日矣”。在此情况下，他没有把精力放在训练水师之上，而是主张引荷兰殖民者参战，甚至提出派间谍、刺客去台湾的建议。大臣们的退缩不前，极不利于收复台湾的工作。
康熙作为最高决策者，他以坚定的决心与必胜的信心推动着整个事情向前顺利发展。
施琅自受命出任福建水师提督后，于康熙二十年（1681年）十月抵厦门视事，对于攻台一事，他采取了如下措施：
第一，整顿水师。选拔将领、训练水兵、修造海船、准备甲仗。施琅所挑选的将领有侍卫吴启爵、同安总兵吴英、兴化总兵林承、金门总兵陈龙、平阳总兵朱天贵、海坛总兵林贤等人。这项工作，施琅花了一年的时间才完成。
第二，再三申明进征台湾的必要性和取胜的必然性。康熙二十一年（1682年）夏，给事中孙蕙、坐塘笔帖式谭木哈图连续上疏，反对进攻台湾。七月，施琅上《决计进剿疏》，指出郑氏绝不会投降，内应又因无法得到及时的支援而不敢公然发难，只有进兵台湾才是唯一的破敌之法。
第三，要求清廷给以专征台湾的兵权。施琅作为加衔提督主持攻台事宜，仍要受督抚的节制，一旦双方意见出现分歧，便有可能被掣肘。当时福建督抚都决意进兵，平台建功，但施琅对此仍然有顾虑。从上任伊始，他就连续上疏，提出独任征剿的问题。这里反映出他与姚启圣等的矛盾。因他与总督意见不和，原定于二十年（1681年）五月的出兵计划落空了。事实证明，事权归一才能避免扯皮，能更加顺利地开展征剿工作。施琅在《决计进剿疏》中重申要求独任，而令督抚为他提供物质供应，攻台不要有出兵的时间限制，只要顺风，他将出师台湾，如果不能收复台湾就治他的罪。他终于得到议政王大臣会议、明珠、李光地的有力支持，康熙看出问题症结，同意由“施琅相机自行进剿”，施琅终于可以大展拳脚了。
第四，制定作战方案。清军水师经过近一年整顿，已有精兵二万余人、战船三百艘，与郑军在数量上不相上下，作战本领也大有提高，而且士气正旺，但海战经验不如郑军丰富，而且郑军是以逸待劳。因此，施琅提出南风盛发的五、六月出兵，首先攻取澎湖的作战方案：“夫南风之信，风轻浪平，将士无晕眩之患，且居上风上流，势如破竹，岂不一鼓而收全胜！”在澎湖决战，一举歼灭郑军主力，可知明郑虚实，直取台湾，或“暂屯澎湖，扼其吭，拊其背，逼近巢穴，使其不战自溃，内谋自应”。总之，占据了澎湖就进可攻退可守，事半功倍。
准备过程每一步都异常地艰辛。总督姚启圣反对施琅的作战方案。姚启圣坚持乘九、十月北风起时两路出击，或先打台湾，后攻澎湖。在此方案被否定后，他又重弹“剿抚并用”老调，并派人渡过台湾海峡，对台湾进行招抚。施琅反对，抚局失败。
施琅全力准备征进。康熙二十二年（1683年）四月，他向姚启圣要求调捐膳船兵。姚启圣顾全大局，抛弃前嫌，分拨平阳总兵朱天贵统捐膳兵1100名、船61艘随同施琅出征，兴化总兵吴英统捐膳兵和陆师驾船43艘出海策应。
在姚启圣的全力支持下，六月十四日，施琅在铜山港誓师，统水师3万余人、战船300余艘进攻澎湖。
当时澎湖、鸡笼都有郑军重兵把守。康熙二十年（1681年）冬，武平侯刘国轩出任总督守澎湖，左武卫何祐任北路总督守鸡笼，在那里修筑城池炮台，开沟浚濠，架设火炮，加强防御。澎湖是防守重点。刘国轩在此集中了官兵2万余人、战船200余艘，但与清军相比，澎湖守军在数量上处于明显劣势，而且粮饷不足，形势对郑军不利。但是郑军毕竟是一支久经战争考验的部队，其士兵英勇善战。右武卫林升、左虎卫江胜、宣毅左镇丘辉、戎旗二镇吴潜等都表示要死守。因此，清军能否攻下澎湖是关系到整个战争的关键。
施琅水师于十五日出发，直驶澎湖。刘国轩闻讯戒备，但他慑于清军兵威，放弃了主动进攻，只作死守，幻想康熙四年（1665年）施琅征台历史重演，等侯台风起，以逸待劳，不战而胜。他由此而丧失了战机。刘国轩命令陆上和各岛要口、战船都严密警戒。丘辉建议先发制人，乘清军战船停泊未定之际，发起攻击，被刘国轩拒绝。当日傍晚，清军从容进泊郑军防守力量薄弱的八罩岛、猫屿、花屿。丘辉再次请战，提出乘晚上潮落时奇袭清军，又遭拒绝。刘国轩期望夜半风起，会把清军扫荡无遗。刘国轩最终失望了。
第二天清晨，清军水师开始进攻澎湖。刘国轩赶忙指挥各部迎战。清军因战船密集，互相挤靠在一起，不得施展。在船尾指挥作战的施琅被流炮击中，他为稳定军心，站起来继续指挥。蓝理见提督坐船被困，直冲过来，连续击沉几艘敌船，总算解围。激战中，蓝理中炮，血流不止，仍高喊督战，后又被炸伤左腿，施琅见攻击不利，便下令全军暂时退出战斗。
丘辉此时又提出要夜袭清军，刘国轩仍坚持扼险守隘，坐等风起。十八日，清军进取虎井、桶盘两屿，向郑军主力逼近。施琅亲自视察岛屿形势，准备与郑军决一死战。
二十二日，澎湖决战爆发。清军吸取了上次作战的教训，改变战术，主力分路进击：战船50艘从东路攻鸡笼屿，派50艘战舰从西路入牛心澳，以牵制敌人；56艘均为八股，各作三叠，施琅领一股居中调度，总兵、游击等官分领其余七股直扑郑军大营，余船分股后援。刘国轩指挥迎战，一场血战开始了。清朱天贵喊话招降，中炮阵亡。林贤的战舰遭丘辉、江胜等的包围，林贤四面应战，身负重伤。清兵援舰到达，与林贤内外夹攻。炮火矢石交攻如雨，烟焰张天。清军东、西两路奋勇夹击。双方都奋不顾身，自辰至申，持续激战。清军8条船围攻丘辉，丘辉左足断右足伤，但他坚持督战，直到自己被炸牺牲。施琅在组织和使用力量方面，充分发挥数量上的长处，集中优势兵力，将郑军战船一只一只地消灭。他命令实行“五梅花”，即“遇贼船一只，即会数只合攻”，“以五船结一队，攻彼一只”。这一战术十分有效，基本歼灭了郑军的有生力量。郑军被击沉、焚毁战船百余艘，征北将军曾瑞、水师副都督左虎卫江钦等将领阵亡，江胜、吴潜等自杀，1.2万名士兵阵亡，将军果毅中镇杨德等将领165人率余部4800余人投降。刘国轩仅带30只船逃回台湾。
澎湖大战以清军的胜利宣告结束，随后澎湖三十六岛皆降。清军官兵战死329人，伤1800人。几天来，施琅一面出告示安民，一面向总督姚启圣和康熙帝奏报澎湖大捷。
澎湖大战的胜利，基本上消灭了郑军的有生力量，无论和、战，台湾都已经是清军的囊中之物。
澎湖激战，郑军主力尽灭，为和平解决台湾问题奠定了基础。
清军取得海战的胜利有其必然性。清军在政治上以统一对割据，在军事上、经济上处于优势地位，这决定了其将取得最后的胜利。交战双方在战争指导思想和战术运用上，施琅的正确、刘国轩的错误导致了郑军的失败。这之间也有偶然性，施琅不可能拥有科学的气候预测手段，“稽古以来，六月时序，澎湖无五日和风，即骤起飓台，怒涛山高，变幻莫测，三军命悬，悉听于天”。在这点上他又有些冒险，他此次“抵澎旬余日，海不扬波”，刘国轩期待的台风竞没有到来，是偶然性帮助了清军成功。
澎湖失守后，冯锡范令台湾各港严加防备。但北路总督何祐等却秘密向清军通谋纳款，并将淡水港的守军撤走。明郑内部发生了严重分裂。闰六月初，当郑克塽集议战守时，冯锡范等主张南走，而刘国轩力主投降。
施琅大军仍驻澎湖，一面因台湾港道深浅莫辨，到北风起时再进军，就有更大的把握。
在这段时间里，施琅乘机做进军台湾的准备。一面派刘国轩旧部曾蜚乘胜去台招抚。郑克壤、刘国轩上表请降。
七月，台湾兵民剃发投降。八月，施琅抵台料理善后。九月，刘国轩等相继进京陛见。康熙帝授刘国轩天津卫总兵、郑克塽正黄旗汉军公、冯锡范正白旗汉军伯，赐郑、冯第宅居京师，并安置了其余投降的官兵。十一月，施琅将台湾交兴化总兵吴英把守，自己班师回福建。
康熙认为施琅收复台湾，立下了大功，于九月初十“加授靖海将军，封为靖海侯，世袭罔替，以示酬庸”。征台官兵，除照云南例加级、赏赉外，康熙考虑到出海作战难度更大，因而决定“在事官员著再各加一级，兵丁再赏一次，以示特加优渥至意”。康熙七年（1668年）施琅上《边患宜靖》遭否定，并被撤去福建水师提督职，任内大臣，隶汉军镶黄旗，留住北京十余年。收复台湾后，他于是又“疏辞侯爵，乞如内大臣例赐花翎”。兵部认为无此先例，拒绝了施琅的要求。康熙真心体会施琅的心情，命毋辞侯爵，“并如其请，赐花翎”，仍享有内大臣的殊荣。
康熙二十三年（1684年）十二月，郑克壤等奉旨到京。康熙肯定郑克壤等“纳土归诚”有功劳，授郑克壤公衔，刘国轩、冯锡范被封为伯，都被抬入旗籍，隶属上三旗汉军，命户部分别“拨给房屋田地”。其他投诚武职1600多人，文职400多人，兵4万余人，也都被妥善安置。刘国轩因主张降清而得到康熙帝的亲自召见，特实授直隶天津总兵官，还赏赐他白金二百两，表里20匹，内厩鞍马一匹，以示特殊恩宠。后康熙得知刘国轩“家口众多，栖息无所”，又特意赐给刘国轩宅第。俾有宁居，以示优眷。
在康熙统一台湾的过程中，如何使用“海上投诚人员”，成为了一个重大的政策问题。最初清廷并不信任“海上投诚”者，不授予他们官职，也无饷银，并把他们派到他省垦荒，另从外地向福建大量增兵；后来才开始信任和重用“海上投诚人员”，不仅没有向福建派兵，而且还裁兵，而平定海疆也正是依靠这些“海上投诚”者，最后完成统一大业。事过20年，对“投诚”者的功绩，康熙帝仍无法忘记，对臣下说道：“昔之海上投诚者，习于水战，今亦不可多得矣。”台湾问题的解决，关键在于康熙的知人善任，他既没有御驾亲征，也没有具体的作战方略作出指示，而是选用了几名得力官员。姚启圣、万正色、施琅三人，就其出身而论，是三种不同类型的人才。康熙把他们从众官将之中选拔出来，大胆使用，且用而不疑。他们得到皇帝支持，都为统一立下了汗马功劳。
