曹锟也不进行正常的法律争论，直接怂恿各地索要军饷，组织军警冲击国务院索饷。民国初年中央财政一直极端窘迫，始终不能解决军饷问题。颜惠庆、唐绍仪、张绍曾等人组织内阁，都被骄兵悍将们赶跑了。没了内阁，冯玉祥、王怀庆等人率领兵痞直接向黎元洪讨钱。总统府门外不仅军警汇聚，还围拢着哄闹的流氓和市民，一团乌烟瘴气。更有所谓的“公民大会”、“请愿团”等登台演讲、高呼口号，打出“市民饿，总统肥”、“府院勾结种种失败”等横幅。起初，黎元洪还真以为是军警索饷，为筹钱发愁；现在，看到日渐猖狂的闹剧后，黎元洪反而发现了问题的症结所在。他说：“民国六年我受张勋胁迫，违法解散了国会，酿成大错。如今出任总统，既然依法而来，就当依法而去。我的任期若何，静听国会依法裁决，决不会再屈服于暴力，重蹈覆辙，贻害百姓。”黎元洪决定不让新直系的阴谋得逞，最有效的抵抗就是坚决不辞职。
闹剧逐渐升级，直系断了总统府的电话和自来水，并且要求总统在12小时内拨付军饷300万元，否则军队将自由行动，不计后果。黎元洪越挫越勇，气上心头，拿出当年罢免段祺瑞的豪气来，一口气签署了七道命令，裁撤了全国的巡阅使、巡阅副使、陆军检阅使、督军和督理，并把总统府前的闹剧定性为“索饷兵变”，要求追究幕后黑手。不想，政府经办人员竟然不敢公布这些盖了总统大印的命令。黎元洪就索性将这些命令交给驻京的外国记者。翌日，全国各地报刊都发表了大总统罢免全国军阀职务的命令——可惜所有军阀都当做耳边风。
黎元洪是出了口气，但彻底得罪了直系军阀，自知北京不宜久留。1923年6月13日，黎元洪藏起总统大印后，带上若干随从和外国顾问登上了北京开往天津的火车。他致函外交使团和国会，声明大总统在北京不能自由行使权力，政府即日迁往天津。
火车开到杨村车站，直隶省长王承斌乘快车赶来“求见”。原来，曹锟听说黎元洪出京，求之不得，可是派人在总统府到处搜不到印信后又急了，慌忙命令王承斌向黎元洪追讨印信。王承斌之前恳请黎元洪复位时，冲锋在前，态度恳切，和黎元洪算是老熟人了。他见到黎元洪后，不好意思张口，拐弯抹角，忸忸怩怩。黎元洪漠然视之。眼看火车进入天津新站，王承斌急了，这才追问印信的去向。黎元洪说放在北京了，王承斌不信：“总统应该讲实话！”黎元洪大怒道：“我就是不把印交给你，你能把我怎么样？”王承斌也不搭话，下令将火车开回北京。黎元洪的四个子女赶来接站，竟然被直隶军警阻止在外。他们急中生智，请来英美两国领事上车“拜访”大总统。不料，直隶军警照拦不误。两位领事大叫：“中国的军阀竟然可以劫持总统，真乃世界所无的怪事。”王承斌态度坚决，黎元洪不交出总统印信就不让他下车。黎元洪堂堂总统，竟然被一个地方军阀困在狭小的车厢里，进退不得，口干舌燥。热血冲上头来，黎元洪突然拔出手枪就要自杀，身旁的外国顾问福开森眼快，赶来夺枪。扳机已经扣下，子弹射出，没有射中黎元洪的要害，造成了轻微擦伤。黎元洪求生不得求死不能，万念俱灰，要来电话，通知藏在法国使馆的姨太太交出印信。王承斌又让黎元洪签署命令，由国务院摄行大总统职务。黎元洪照签不误。王承斌这才让黎元洪下车出站。
这一事件，史称“截车夺印”。
黎元洪回家后，即公布截车夺印和被逼签字的真相，声明自己依然是民国总统。在天津，黎元洪固执地坚持重建政府。每当曹锟等人在北京发布一道重要命令，他就在天津针锋相对地另发一道总统令。重建政府的关键是在天津召集国会。黎元洪在天津设立“国会议员招待所”，给予来津的国会议员每位500元旅费。国会议员良莠不齐，从民国初年当选以来可谓历经坎坷，常常陷入衣食无着的境地，所以为了贪图500元而到天津来的人不少。不过，曹锟随即在北京开出5000元高价购买总统，天津的议员又呼啦啦跑回北京去了。与北京分庭抗礼不成，黎元洪开始寻找、联合外力，对付新直系。他找到段祺瑞，小气的段祺瑞不愿与他联手；又一度南下上海参加孙中山、卢永祥等人的反直同盟，但处境尴尬，无所作为。后来，在老友张謇、唐绍仪等人劝说下，黎元洪再次对政治心生退意。
1923年11月8日，黎元洪东渡日本养病，半年后返回天津，安心做起了寓公。
息影津门：黎元洪的隐居时光
黎元洪在政治上屡受挫折，下野后在经济上却取得了不菲的成绩。他晚年投资现代企业20多家，涵盖了金融、矿产、原料、食品、运输和文化教育各个行业。北京、上海、天津、山东、浙江乃至香港各地的公司股东名单里都有“黎元洪”的大名。成功的投资给黎元洪带来了丰厚的收益。
事实上，和在政治上缺乏雄厚的实力一样，黎元洪投资企业的资本也不多。他的收入主要是从政期间的积累，而他执政清廉，所以并没有多少雄厚的资本，许多资金是靠向银行贷款周转来的。黎元洪之所以能取得商业成功，得益于经济环境的变化。黎元洪投资企业正值第一次世界大战期间，这是史称“民族资本主义春天”的经济繁荣时期。忙于战场厮杀的列强放松了对中国的经济压迫，各类民族企业都取得长足的发展。经济方面的收获让黎元洪对投资企业兴致很高。他曾说：“我两次做总统，皆赔累不少，不如做生意较为安闲自在。”值得肯定的是，黎元洪晚年的经济活动是在公开公平的背景下展开的，并没有利用政治特权为自己牟利。当时许多军阀和政治人物利用政治权力侵吞财富，进行特权经营。而黎元洪完全是以普通商人身份参与市场竞争。
虽然是大富翁，晚年黎元洪生活俭朴。从政期间，黎元洪生活就非常朴素。“秘书、参议衣服不华，每日至黎公座次关向文件，一席之间八九人，皆执莲柄薄葵扇，黎公亦时握焉，其所其着西装制服，以粗夏布为之。自都督以至州县科员，皆月支薪二十元。”下野后，黎元洪最奢侈的可能就是在天津家里建了一个网球场，冬天就改为滑冰场，年过花甲了还坚持运动。同时，黎元洪晚年痴心书法，据说写得还不错，求墨宝者络绎不绝。
回顾一生，黎元洪被骤然推上权力斗争的核心，此后沉沉浮浮，一切都起源于武昌起义。武昌首义领袖是黎元洪最大的政治资本，也是他一生命运多变的最大诱因。如果当年革命组织意见一致，如果当年黄兴或者吴禄贞在武汉领导起义，黎元洪的后半生不会风光一时，或许是隐居乡间的普通前清官僚，也可能是碌碌无为的普通军官，肯定不会卷入那么多的政治漩涡，颠沛难熬。身处乱世，人们对命运难以把握，黎元洪即是其中的例子。人到暮年，黎元洪对武昌起义纪念日（10月10日）非常重视。每逢纪念日，他都在家中准备焰火和露天电影，招待群众欢庆节日。
黎元洪第二次下台后不久，世界大战结束，列强经济势力重回中国，黎元洪投资企业的经济情况恶化，甚至难以偿还银行贷款。1924年，黎元洪被迫出售北京东厂胡同的住宅，拮据情形可见一斑。1926年，黎元洪突患脑溢血，次年好转，第三年年初夏在看赛马时又旧病复发，失去言语能力。6月3日黎元洪在天津英租界去世，终年64岁。
黎元洪留下政治遗嘱十款。我们看其中的内容，可以多少了解这位唯一一个两度出任总统的民国元勋的思想主张。其中有“从速召集国民大会，解决时局纠纷”：黎元洪虽然解散过国会，但对国会的作用至死都很重视。“数千年立国之根本精神、道德礼教，常较物质文明尤为注重”：可见黎元洪根子上还是传统的，认为中国的道德伦理优于西方的物质文明。“革命为迫不得已之事，但愿一劳永逸，俾国民得以早日休养生息，恢复元气”：可见黎元洪是个偏向革命的保守分子。目睹晚清和民初的艰难时局，黎元洪希望百姓能够休养生息，国家能够恢复元气，可如果剧烈的革命能够一劳永逸地终止乱局，他也不排斥革命。
黎元洪留下家事遗嘱：“丧事从简，戒诸子潜心从事生产实业，毋问政治。”
亲实业而远离政治，这是不是黎元洪的人生经验总结呢？
黎元洪死后，吊唁者络绎不绝，大人物云集。蒋介石、段祺瑞、冯玉祥、江朝宗等人都赫然在目。段祺瑞前来吊唁时，对着黎元洪遗体三鞠躬，不发一言，默默退出。
1928年6月28日，南京国民政府为黎元洪举行国葬，全国各地下半旗致哀，鸣礼炮17响，纪念武昌起义17年和首义领袖。国民党取得政权后，黎元洪是享受国葬隆典的第一人。
